在劳动仲裁中，即使公司的法人不是实际经营者，劳动者仍应以与自己建立劳动关系的用人单位作为被申请人。以下是详细分析：
确定被申请人的核心原则：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁的被申请人应为与劳动者存在劳动关系的用人单位。这意味着，不论公司的法人是谁，只要劳动者与该公司建立了劳动关系，就应以该公司为被申请人。
法人及实际经营者的角色：
- 法人是公司的法定代表，负责代表公司参与法律程序，包括劳动仲裁。在仲裁过程中，法人或其授权代表需按仲裁机构要求参加庭审、提交证据等。
- 实际经营者（可能是公司的控股股东、实际控制人或日常管理人）虽不直接作为劳动仲裁的被申请人，但他们的决策和行为可能对公司产生重大影响，包括在仲裁中的应对策略。然而，这并不改变劳动者应以用人单位为被申请人的基本原则。
证明劳动关系的必要性：
- 劳动者在申请劳动仲裁时，需准备充分材料证明与用人单位之间的劳动关系。这些材料包括但不限于劳动合同、工资支付记录（如工资条、银行工资流水）、工作证、考勤记录以及同事的证人证言等。
- 这些证明材料不仅有助于确定用人单位主体，还能为劳动者在仲裁中的主张提供有力支撑。例如，如果劳动者主张未支付工资，工资支付记录就是关键证据。
填写劳动仲裁申请书的要求：
- 在填写劳动仲裁申请书时，劳动者应明确列出被申请人的信息，包括公司名称、法定代表人（即法人）的姓名等。这是确保仲裁申请被正确受理的重要步骤。
- 如果劳动者不确定被申请人的具体信息，可以通过查询公司工商登记信息或咨询相关部门来获取。
实际操作建议：
- 收集证据：劳动者应尽可能收集与劳动关系相关的所有证据，包括书面合同、电子邮件、短信记录、工资支付凭证等。
- 明确被申请人：在申请劳动仲裁前，劳动者应确认与自己建立劳动关系的用人单位名称，并确保该名称与工商登记信息一致。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本指导，但每个劳动仲裁案件都有其独特性。因此，如果劳动者在准备仲裁材料或填写申请书时遇到困难，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。
可能遇到的法律后果：
- 如果劳动者错误地将非用人单位主体列为被申请人，仲裁机构可能会驳回申请或要求劳动者重新确定被申请人。
- 如果劳动者能够准确识别并确定用人单位作为被申请人，并准备好相关证明材料，那么其权益在仲裁过程中将得到更有效的保护和维护。
总之，在劳动仲裁中，劳动者应以与自己建立劳动关系的用人单位作为被申请人，并准备好相关证明材料以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。