通常情况下，不缴纳住宅专项维修资金，不动产登记部门不予办理不动产登记（房产证）是合法的。这一做法主要基于以下法律和实际操作层面的考量：
法律层面
《住宅专项维修资金管理办法》的明确规定：
- 根据该办法，商品住宅的业主在办理房屋入住手续前，必须将首期住宅专项维修资金存入指定的住宅专项维修资金专户。这是法律对业主的明确要求，旨在确保住宅共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造资金得到及时足额收取。
- 若未按规定交存首期住宅专项维修资金，开发建设单位或公有住房售房单位不得将房屋交付给购买人。这一规定间接表明，缴纳专项维修资金是房屋交付和后续办理房产证的前提条件之一。
地方规定的普遍遵循：
- 在实际操作中，各地普遍遵循《住宅专项维修资金管理办法》的规定，并将缴纳专项维修基金作为办理房产证的前置条件。这是因为专项维修基金对于维护小区物业的正常运行至关重要，房地产管理部门为了确保这项资金的及时足额收取，通常会将缴纳专项维修基金与房产证的办理相挂钩。
实际操作层面
办理房产证的材料要求：
- 在申请房屋所有权初始登记时，购房者需要提交一系列材料，其中包括已交存的住宅专项维修资金专用收据。如果购房者未能提供这一缴纳凭证，那么不动产登记部门将不符合办理房产证的条件，进而不予受理房产证的办理申请。
实例说明：
- 以许多城市为例，购房者在提交办理房产证所需材料时，不动产登记部门都会严格审查专项维修基金的缴纳情况。只有当购房者提供了有效的缴纳凭证后，才能进入后续的房产证办理流程。
特殊情况与建议
- 个别地区的特殊政策：虽然大多数地区都遵循上述规定，但也可能存在个别地区有特殊政策或执行方式。因此，如果购房者对当地政策有疑问，可以咨询当地的房地产管理部门或不动产登记中心以获取准确信息。
- 法律建议：为了确保能够顺利办理房产证并保障自己的合法权益，建议购房者务必按照相关规定及时交存专项维修基金。这一做法不仅符合法律法规的要求，也是对自己和小区其他业主负责的表现。
综上所述，不缴纳住宅专项维修资金，不动产登记部门不予办理不动产登记（房产证）是合法的，且这一做法在法律和实际操作层面都有充分的依据。如果您在办理房产证过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。