结论：公司车被扣后员工逃跑，车辆能否找回取决于多个因素，包括车辆被扣的原因、员工逃跑的性质以及公司采取的后续措施等。以下是从不同角度进行的分析：
一、车辆被扣的原因及法律后果
因违法行为被扣：
- 如果车辆是因为员工的违法行为（如交通违规、非法营运等）被相关部门扣留，公司应首先了解扣留的具体原因和法律依据。
- 公司需要配合相关部门的调查，并按照规定处理违法行为，如缴纳罚款、接受处罚等，之后才能申请取回车辆。
因纠纷被扣：
- 如果车辆是因为涉及经济纠纷、合同纠纷等被扣留，公司应尽快与纠纷对方协商解决，或通过法律途径解决纠纷。
- 在纠纷解决前，车辆可能无法取回，公司需做好相应的应对措施。
二、员工逃跑的性质及法律后果
员工涉嫌违法犯罪：
- 如果员工逃跑是因为涉嫌违法犯罪（如盗窃车辆、挪用资金等），公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据。
- 公安机关将依法进行调查，并可能采取刑事强制措施。在案件侦破后，如果车辆被追回，公司将有机会取回车辆。
员工因个人原因逃跑：
- 如果员工逃跑是因为个人原因（如逃避工作责任、家庭问题等），公司应尝试与员工取得联系，了解其逃跑的具体原因。
- 如果员工愿意配合，公司可以与其协商解决车辆被扣的问题。如果员工拒绝配合，公司可能需要通过法律途径追究其责任，但这并不直接保证车辆能被找回。
三、公司应采取的后续措施
及时报案：
- 无论车辆被扣的原因是什么，公司都应尽快向相关部门报案，并提供详细的情况说明和证据。
- 报案有助于相关部门及时了解情况，并采取相应的措施。
配合调查：
- 公司应积极配合相关部门的调查工作，提供必要的协助和支持。
- 通过配合调查，公司可以更好地了解车辆被扣的具体情况，并有机会在符合法律规定的情况下取回车辆。
法律途径：
- 如果车辆无法通过协商或报案取回，公司可以考虑通过法律途径解决。
- 这可能包括提起民事诉讼、申请财产保全等措施，以维护公司的合法权益。
建议：在处理此类问题时，公司应保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为。同时，公司应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。