结论前置：借款合同更改后，已缴纳的印花税在一般情况下不予退还，但在特定情形下，如计税依据计算错误或合同被撤销、解除且未履行，纳税人可以申请退税或抵缴。

一、通常情况：不能退税

根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据等）所征收的一种税。其纳税义务在纳税人书立应税凭证的当日即产生。这意味着，只要借款合同等应税凭证已经签订并缴纳了印花税，无论后续合同是否更改、是否履行，已缴纳的印花税通常不会退还。这是因为印花税是基于合同的签订行为而产生的，与合同是否最终履行或更改无关。

二、特殊情形：可以退税或抵缴

尽管通常情况下不能退税，但存在以下特殊情形时，纳税人可以申请退税或抵缴印花税：

1. 计税依据计算错误：

   • 如果因借款合同列明的金额计算错误导致计税依据减少，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。这通常发生在合同金额与实际结算金额不一致，且变更了应税凭证所列金额的情况下。

2. 合同撤销或解除且未履行：

   • 在借款合同未履行或未完全履行的情况下，如果合同被撤销或解除，并且该合同的印花税已经缴纳，纳税人可以根据相关规定向税务机关提出退税申请。但此类退税申请需提交相关证明材料，如合同撤销或解除的证明、已缴纳印花税的凭证等，并需经过税务机关的严格审核批准。

三、操作建议与风险提示

1. 及时咨询税务机关：

   • 由于印花税法规的复杂性和具体性，以及不同地区的税务机关可能存在的执行差异，建议在处理借款合同更改与印花税的问题时，纳税人应及时咨询当地税务机关，以获取更准确的指导和帮助。

2. 保留相关证据材料：

   • 纳税人应妥善保管与借款合同更改、印花税缴纳相关的所有证据材料，如合同文本、更改协议、印花税缴纳凭证等。这些材料在申请退税或抵缴时可能起到关键作用。

3. 注意法律风险：

   • 纳税人在处理借款合同更改与印花税的问题时，应确保遵循正确的法律程序，避免因不了解相关规定而产生不必要的法律风险或经济损失。例如，如果未经税务机关批准擅自退还印花税，可能面临税务处罚等风险。

综上所述，借款合同更改后印花税的处理并非一成不变，而是需要根据具体情况和法律法规的规定来判断。在一般情况下，已缴纳的印花税不予退还；但在特定情形下，如计税依据计算错误或合同被撤销、解除且未履行时，纳税人可以申请退税或抵缴。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。