结论前置：工程合同作废后，已缴纳的印花税一般是不予退还的。但在特定情况下，如因计税依据计算错误导致多缴，或合同被撤销、解除且未履行等，可以申请退税或抵缴。

分析说明：

1. 一般情况：印花税不可退还

   • 印花税是对经济活动和经济交往中设立、领受具有法律效力的凭证（如合同）所征收的一种行为税。纳税义务在应税凭证书立或者领受时即已产生，即合同签订时就需要缴纳印花税，与合同后续是否履行、中止或作废无关。
   • 根据《中华人民共和国印花税法》及《印花税暂行条例》及其实施细则，合同签订时即应贴花并履行完税手续。一旦应税合同等应税凭证已经签订，无论后续合同是否作废，纳税人都需按规定缴纳印花税，且已缴纳的印花税通常不会退还。

2. 特殊情况：可申请退税或抵缴

   • 计税依据计算错误：如果因应税凭证列明的增值税税款计算错误导致应税凭证的计税依据减少或增加，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。
   • 合同撤销或解除且未履行：在合同未履行或未完全履行的情况下，如果合同被撤销或解除，并且该合同的印花税已经缴纳，纳税人可以根据相关规定向税务机关提出退税申请。但此类退税申请需提交相关证明材料，并需经过税务机关的严格审核批准。

实际操作建议：

• 在签订工程合同时，应充分考虑各种可能性，包括合同可能作废的情况，并据此合理安排税务筹划。
• 如遇特殊情况需要申请退税或抵缴，应及时咨询当地税务机关或专业律师，准备充分的证明材料进行申请，并遵循正确的法律程序。

综上所述，工程合同作废后，已缴纳的印花税在一般情况下是不可退还的。但在特定情况下，如因计税依据计算错误或合同被撤销、解除且未履行等，可以依法申请退税或抵缴。因此，在处理此类问题时，应根据具体情况进行判断和操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。