合同变更后，已缴纳的印花税在一般情况下是不予退还的，但在特定情形下，纳税人可以申请退税或抵缴。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况：不能退税
根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同、产权转移书据等）所征收的一种税。其纳税义务通常在应税凭证书立或领受时即产生，且印花税具有单向征收、税率低、纳税人自行完税等特点。在合同签订并缴纳印花税之后，即使合同后续发生变更或作废，只要应税凭证已经书立或领受，已缴纳的印花税一般也是不能申请退还的。这是因为印花税是基于合同的签订行为而产生的，与合同是否最终履行、是否变更无关。
二、特殊情形：可以退税或抵缴
尽管通常情况下不能退税，但存在以下特殊情形时，纳税人可以申请退税或抵缴印花税：
应税凭证金额减少：
- 如果应税合同、产权转移书据所列金额与实际结算金额不一致，并且已经变更了应税凭证所列金额，导致金额减少的，纳税人可以向税务机关申请退还或减少部分的印花税。例如，原合同金额为100万元，后因某些原因变更为80万元，那么对于减少的20万元部分，纳税人可以申请退税。
增值税税款计算错误：
- 如果应税凭证列明的增值税税款计算错误导致计税依据减少，纳税人同样可以向税务机关申请退还或者抵缴印花税。这种情况下，退税或抵缴的金额是基于增值税税款计算错误而导致的计税依据减少部分。
合同未履行且应税凭证被注销或废止：
- 在某些特定情况下，如合同因政策调整、自然灾害等原因无法继续履行并被相关部门认可，且应税凭证被注销或废止，纳税人也可以向税务机关申请退税。但此类退税申请需提交相关证明材料，如合同未履行的证明、应税凭证被注销或废止的证明等，并需经过税务机关的严格审核批准。
三、实务操作建议
及时咨询税务机关：
- 由于印花税的具体规定和执行口径在不同地区可能存在差异，且涉及具体的合同类型和情况，因此在实际操作中，建议纳税人及时与当地主管税务机关沟通，了解准确的政策和办理流程。
准备并提交必要的证明材料：
- 如果纳税人认为符合退税或抵缴的条件，应准备并提交必要的证明材料，如合同变更协议、应税凭证注销或废止的证明、增值税税款计算错误的证明等，以便税务机关进行审核。
合理规划税收成本：
- 在合同签订前，纳税人应充分了解印花税的相关规定，以便合理规划税收成本。例如，对于可能发生变更的合同，可以考虑在合同中约定印花税的处理方式，以避免后续产生不必要的税收风险或经济损失。
综上所述，合同变更后印花税的处理并非一成不变，而是需要根据具体情况和法律法规的规定来判断。在一般情况下，已缴纳的印花税不予退还；但在特定情形下，如应税凭证金额减少、增值税税款计算错误或合同未履行且应税凭证被注销等情形下，纳税人可以向税务机关申请退税或抵缴印花税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。