结论前置：一般情况下，合同变更导致合同金额减少时，已经缴纳的印花税是不予退还的。这一结论主要基于印花税的性质以及相关法律法规的规定。

一、印花税的性质与计税依据

印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受的凭证征收的一种税，其计税依据是凭证上所记载的金额。这意味着，一旦应税行为发生，即合同书立或领受时，就产生了纳税义务，不论其后该行为所涉及的金额是否发生变化。

二、相关法律法规的规定

1. 《中华人民共和国印花税法》第五条：明确规定了印花税的计税依据为合同所列的金额（不包括列明的增值税税款）。这一条款为印花税的计算提供了明确的法律依据，也暗示了合同金额变动不影响已缴税款的原则。

2. 税务实践与惯例：在税务实践中，当印花税的计税依据发生变化时，如凭证所列金额减少，已缴纳的印花税一般是不予退还的。这是因为印花税是一种行为税，只要应税行为一发生，就产生了纳税义务，且税务机关征收税款必须依法进行，不得违反法律、行政法规的规定多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。

三、具体情形分析

1. 合同金额增加：

   • 若合同金额增加，通常需要对新增金额部分补缴印花税。例如，原合同金额为100万元，已按此金额缴纳印花税；后因补充协议追加采购量，合同金额增加至120万元，则需对新增的20万元部分补缴印花税。

2. 合同金额减少：

   • 若合同金额减少，已缴纳的印花税不予退还或抵免。例如，原合同金额为100万元，已按此金额缴纳印花税；后因工程量缩减，实际执行金额为80万元，但已缴纳的印花税不会因此退还。

3. 例外情况：

   • 若因计算错误多缴税款，纳税人可以向税务机关要求退还多缴的税款，并加算银行同期存款利息。但这种情况需要提供充分的证明文件，且退税程序相对复杂。

四、实务操作建议

1. 及时申报补缴：

   • 若合同金额增加，纳税人应在补充协议签订后及时申报并补缴新增金额的印花税，以避免滞纳金风险。

2. 保留凭证备查：

   • 纳税人应妥善保存原合同、补充协议、完税凭证等材料至少5年，以备税务稽查之需。

3. 关注特殊行业规定：

   • 不同行业可能存在特殊的印花税规定，纳税人应关注并遵守相关行业规定。

五、风险提示

• 少缴风险：若未补缴新增金额的印花税，可能被税务机关追缴税款并加收滞纳金（每日万分之五）。
• 多缴争议：非计算错误的金额减少不予退税，纳税人需提前规划合同条款以避免不必要的税务争议。
• 合规成本：频繁变更合同可能增加税务管理成本，纳税人应审慎签订合同并考虑税务影响。

总结与建议：合同变更导致合同金额减少时，已经缴纳的印花税一般是不予退还的。纳税人应充分了解印花税的性质和相关法律法规的规定，及时申报补缴新增金额的印花税，并妥善保留相关凭证备查。若遇到复杂的税务问题或争议，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律意见和帮助。