结论：设计合同双方另行签订结算协议，约定由第三方支付部分设计费，该条款本身并不直接违反法律规定，但其有效性和执行性会受到多种因素的影响。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同自由原则
合同自由：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括支付方式、支付对象等。因此，从合同自由的角度来看，双方约定由第三方支付部分设计费，并不违反法律规定。
第三方同意：然而，需要注意的是，虽然合同双方可以自由约定支付方式，但如果涉及到第三方支付，最好应获得第三方的明确同意或确认。否则，如果第三方拒绝支付或无法支付，可能会导致合同履行障碍或纠纷。
二、合同效力与履行
合同效力：结算协议作为设计合同的补充或变更，其效力取决于双方的真实意思表示以及是否违反法律、行政法规的强制性规定。如果结算协议是双方真实意思的表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的。
合同履行：在合同履行过程中，如果约定由第三方支付部分设计费，但第三方未能履行支付义务，那么根据合同的相对性原则，设计费的支付义务仍然应由原合同约定的支付方承担。当然，如果双方在结算协议中明确约定了第三方不支付时的处理方式（如由原支付方承担连带责任等），则应按照约定处理。
三、潜在风险与防范
第三方信用风险：约定由第三方支付部分设计费，存在第三方信用风险。如果第三方财务状况恶化或破产，可能导致设计费无法按时支付或无法支付。因此，在签订结算协议时，应对第三方的信用状况进行充分评估。
合同条款明确性：为了避免纠纷，结算协议中的条款应尽可能明确、具体。例如，应明确第三方的支付义务、支付时间、支付方式等，以及如果第三方未能履行支付义务时的处理方式。
法律救济途径：如果因第三方支付问题导致纠纷，双方应首先通过协商解决。如果协商不成，可以根据结算协议中的仲裁条款或诉讼条款，通过仲裁或诉讼等法律途径解决纠纷。
四、实际操作建议
在签订结算协议前，对第三方的信用状况进行充分调查和评估，确保第三方具备支付能力。
在结算协议中明确约定第三方的支付义务、支付时间、支付方式等条款，以及如果第三方未能履行支付义务时的处理方式（如由原支付方承担连带责任、追究违约责任等）。
考虑在结算协议中设置担保条款，如要求第三方提供担保物或担保人，以增加支付保障。
在合同履行过程中，密切关注第三方的支付情况，一旦发现第三方有违约迹象，及时采取措施防范风险。
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