结论：已竣备且原告已使用的厂房，在特定条件下是可以申请主体结构鉴定的。

分析说明：

1. 鉴定申请的法律依据：

   • 根据相关法律法规，对于建筑物的质量、安全等问题，相关权益人（包括业主、使用人等）有权申请进行专业鉴定。这一权利并不因建筑物已经竣备或已被使用而丧失。

2. 鉴定申请的条件：

   • 存在质量疑虑：申请主体结构鉴定的前提是，存在对厂房主体结构质量的合理疑虑。这种疑虑可能源于施工过程中的质量问题、材料问题，或是使用过程中出现的异常现象等。
   • 鉴定必要性：需要证明进行主体结构鉴定是必要的，即鉴定结果将对解决纠纷、保障安全等具有实质性意义。
   • 合法程序：申请鉴定应遵循合法的程序，包括向有资质的鉴定机构提出申请，提供必要的资料和证据等。

3. 已竣备且已使用的厂房的特殊性：

   • 竣备状态：厂房已经竣备，意味着其已经通过了相关的竣工验收程序，理论上应符合设计要求和安全标准。但这并不排除在施工过程中存在隐蔽的质量问题，或是验收过程中未能发现的问题。
   • 使用状态：厂房已被原告使用，这可能对鉴定工作产生一定影响。例如，使用过程中可能对厂房造成了一定的磨损或改变，这需要在鉴定时予以考虑。但使用状态本身并不构成对鉴定申请的障碍。

4. 鉴定申请的实践操作：

   • 选择鉴定机构：应选择具有相应资质和经验的鉴定机构进行主体结构鉴定。
   • 准备鉴定材料：根据鉴定机构的要求，准备相关的图纸、施工记录、验收报告等材料。
   • 配合鉴定工作：在鉴定过程中，应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和便利。

法律建议：

• 如果您对已竣备且已使用的厂房的主体结构质量存在疑虑，并希望申请鉴定，建议首先收集相关证据和资料，证明鉴定的必要性和合理性。
• 然后，选择有资质的鉴定机构，并按照合法程序提出鉴定申请。
• 在鉴定过程中，保持与鉴定机构的良好沟通，确保鉴定工作的顺利进行。

可能后果：

• 如果鉴定结果显示厂房主体结构存在质量问题，您可能需要根据鉴定结果采取相应的法律措施，如要求施工方进行修复、赔偿损失等。
• 如果鉴定结果显示厂房主体结构符合设计要求和安全标准，则可能有助于解决您与施工方或其他相关方之间的纠纷。

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