结论：公司规章制度与员工管理条例里写明员工没打卡扣钱，在未经合法程序制定相关规章制度或罚款金额不合理的情况下，通常是违法的。但若公司规章制度经过合法程序制定并明确规定了合理的惩戒措施，则可能不被认定为违法。以下是对此问题的详细分析：
法律分析
企业行政处罚权的限制：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政机关的行政处罚措施。企业作为非行政机关，并不具备行政处罚权。因此，企业直接对员工进行罚款，这一行为本身在法律上是不被允许的。
工资支付的相关规定：
- 《工资支付暂行规定》明确指出，用人单位不得克扣劳动者工资。若企业以罚款形式扣除员工工资，且该规章制度未履行合法程序或罚款金额不合理，那么这种行为就构成了克扣工资的违法行为。
规章制度的合法性要求：
- 若公司的规章制度经过合法程序制定，例如经过职工代表大会讨论、与工会协商确定等，并向员工公示或告知，且其中明确规定了不打卡的合理惩戒措施（如扣除对应工时的工资，而非直接罚款），则按照制度执行可能不被认定为违法。但这里的“合理惩戒措施”必须符合法律法规的规定，不能侵犯员工的合法权益。
具体情况的判断：
- 是否违法还需根据具体情况进行判断。这包括考虑规章制度或劳动合同中是否有明确说明不打卡的惩戒措施，以及罚款金额是否合理且不违反相关法律法规。例如，如果规章制度中规定的罚款金额过高，或者没有明确的法律依据，那么这种罚款行为就可能是违法的。
应对策略
与公司沟通：
- 在采取法律手段之前，建议员工首先与公司进行沟通，尝试解决争议。通过沟通，员工可以了解公司对于没打卡扣钱的具体规定和理由，同时也可以表达自己的观点和诉求。
向劳动监察部门投诉：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。投诉时，应准备相关证据，如劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等，以证明公司存在违法行为。劳动监察部门将会对投诉进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
申请劳动仲裁：
- 如果对劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，员工需要提交仲裁申请书，详细载明双方基本信息、仲裁请求、事实理由、证据等。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
向法院提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果仍不满意，员工可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将会对案件进行审理，并根据事实和法律规定作出判决。
总结与建议：公司规章制度与员工管理条例里写明员工没打卡扣钱是否违法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。员工在面对此类情况时，应首先尝试与公司沟通解决；若无法解决，可通过合法途径如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院提起诉讼来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。