结论：关于骨折两三个月不上班且公司预付工资的计算问题，这主要取决于工伤认定结果、停工留薪期的确定以及公司内部的规章制度。以下是对这一问题的详细分析：
一、工伤认定
工伤认定条件：
- 根据《工伤保险条例》第十四条，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。若骨折是在工作过程中发生的，且符合工伤认定的其他条件（如非本人主要责任等），则应被认定为工伤。
工伤认定流程：
- 职工或其近亲属、用人单位应在事故发生之日起一年内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明等材料。
- 社会保险行政部门将根据提交的材料和调查情况进行审核，并作出工伤认定的决定。
二、停工留薪期
停工留薪期定义：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。
停工留薪期确定：
- 停工留薪期一般不超过12个月，具体期限由设区的市级劳动能力鉴定委员会根据工伤职工的伤情确定。
- 在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
工资计算：
- 若骨折被认定为工伤，且处于停工留薪期内，则公司应按照职工原来的正常工资水平支付工资。
- 工资计算应包括基本工资、奖金、津贴等所有福利待遇。
三、公司预付工资的处理
预付工资性质：
- 若公司在职工停工留薪期间预付了工资，这通常被视为公司对职工的临时性经济支持。
预付工资与停工留薪期工资的关系：
- 如果预付的工资金额等于或超过停工留薪期应支付的工资总额，则职工无需再向公司支付差额。
- 如果预付的工资金额低于停工留薪期应支付的工资总额，则公司应在停工留薪期结束后补足差额。
四、公司规章制度的影响
规章制度内容：
- 公司内部的规章制度可能对工伤期间的工资支付、预付工资的处理等有具体规定。
规章制度适用：
- 若公司规章制度与法律法规相冲突，应以法律法规为准。
- 若公司规章制度对工伤期间的工资支付有更优惠的规定，则应按照规章制度执行。
五、建议与行动
及时申请工伤认定：
- 职工应尽快向社会保险行政部门申请工伤认定，以便确定工伤性质和停工留薪期。
与公司沟通：
- 职工应与公司就预付工资的处理、停工留薪期工资的支付等问题进行沟通，确保双方权益得到保障。
寻求法律援助：
- 若职工在工伤认定、工资支付等方面遇到困难或争议，可向我咨询，我会根据具体情况提供法律建议和帮助。
示例：假设职工小李在工作中发生骨折，被认定为工伤，停工留薪期为3个月。小李原来的月工资为5000元，包括基本工资、奖金和津贴等。在停工留薪期间，公司预付了小李10000元工资。根据规定，公司应支付小李停工留薪期工资总额为15000元（5000元/月 × 3个月）。因此，公司应在停工留薪期结束后向小李补足5000元差额。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。