在养殖场环保立案整改期间，动物防疫合格证能否颁发需分情况讨论，具体如下：

1. 若整改内容不涉及动物防疫条件
   根据《动物防疫条件审查办法》第五条，动物防疫合格证的颁发核心条件包括场所位置、布局、设施设备、人员资质及防疫制度等。若环保整改仅针对污水排放、废弃物处理等环保问题，未触及上述防疫条件，且养殖场已满足《动物防疫法》及《动物防疫条件审查办法》的实质要求，环保整改期间仍可正常申请并颁发动物防疫合格证。
   法律依据：

   • 《动物防疫法》第二十四条：动物饲养场等场所应当符合动物防疫条件，并取得动物防疫条件合格证。
     
   • 《动物防疫条件审查办法》第五条：明确规定了场所选址、布局、设施设备等具体防疫条件标准。

2. 若整改内容直接影响动物防疫条件
   若环保整改涉及防疫条件中的关键环节（如病死动物无害化处理设施改造、粪污处理系统升级等），导致当前防疫条件不达标，则需待整改完成并通过验收后，方可申请或重新颁发动物防疫合格证。此时，环保整改与防疫条件审查存在直接关联，需同步满足两项要求。
   法律依据：

   • 《动物防疫条件审查办法》第三条：动物防疫条件合格证实行动态管理，已取得合格证的场所经检查不符合条件的，应限期整改；逾期未整改或整改后仍不合格的，撤销合格证。
     
   • 《行政许可法》第八条：行政机关不得擅自改变已生效的行政许可，但因公共利益需要或申请人违法情形除外。若整改导致防疫条件实质变化，需重新审查。

实务建议：

• 养殖场应提前梳理环保整改内容与动物防疫条件的关联性，主动向当地农业农村部门（或行政审批局）提交整改方案及防疫条件自查报告，明确是否影响发证条件。
  
• 若整改期间需继续经营，可依据《动物防疫法》第二十四条，在确保现有防疫条件符合最低标准的前提下，申请临时许可或承诺限期整改，避免因证照缺失被处罚。
  

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