针对您提出的“牛肉不合格立案怎么处理”的问题，这通常涉及到市场监管部门对销售不合格牛肉行为的立案调查及后续处理流程。以下是一个详细且清晰的解答：

一、立案调查

当市场监管部门接到关于牛肉不合格的举报或在日常监督检查中发现牛肉存在质量问题时，会立即启动立案调查程序。调查过程中，执法人员会：

1. 现场检查：对涉嫌销售不合格牛肉的经营场所进行现场检查，查验相关证照、进货记录、销售记录等。
2. 抽样送检：对现场发现的牛肉进行抽样，并送至具有资质的检测机构进行检验，以确定牛肉是否确实存在质量问题。
3. 询问调查：对经营者进行询问，了解牛肉的来源、销售情况、是否知道牛肉存在质量问题等信息。

二、处理依据

市场监管部门在处理牛肉不合格案件时，主要依据以下法律法规：

1. 《中华人民共和国食品安全法》：该法规定了食品生产经营者的责任和义务，以及销售不合格食品的法律责任。
2. 《食用农产品市场销售质量安全监督管理办法》：该办法对食用农产品的市场销售质量安全进行了具体规定，包括贮存、运输、销售等环节的要求。

三、处理措施

根据调查结果和法律法规的规定，市场监管部门会采取以下处理措施：

1. 没收违法所得和违法生产经营的食品：对于销售不合格牛肉的经营者，市场监管部门会没收其违法所得和违法生产经营的牛肉。
2. 罚款：根据违法行为的严重程度和货值金额的大小，市场监管部门会对经营者处以相应数额的罚款。罚款金额可能从几千元到几十万元不等，具体依据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定执行。
3. 责令改正：市场监管部门会责令经营者立即改正违法行为，如停止销售不合格牛肉、加强进货查验等。
4. 其他措施：对于情节严重的违法行为，市场监管部门还可能吊销经营者的许可证，并可以由公安机关对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五日以上十五日以下拘留。

四、案例参考

以您提供的案例为例，叶城县市场监管局在处理牛肉不合格案件时，就依据了《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，对经营者进行了没收违法所得、罚款等行政处罚。同时，也责令经营者改正违法行为，确保今后销售的牛肉符合食品安全标准。

五、建议

对于经营者来说，为了避免因销售不合格牛肉而面临法律责任，建议：

1. 加强进货查验：确保从正规渠道进货，并查验相关证照和检验报告。
2. 定期自查：定期对销售的牛肉进行自查，确保不存在质量问题。
3. 遵守法律法规：严格遵守《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规的规定，合法经营。

综上所述，牛肉不合格立案后的处理是一个涉及多个环节的复杂过程。市场监管部门会依据相关法律法规对违法行为进行严肃处理，以保障消费者的合法权益和食品安全。