结论前置：员工在依法休年假期间，通常不应被扣除全勤奖，但具体是否扣除需依据公司规章制度及法律规定来判断。若公司规章制度规定合理且经过合法程序制定，且与法律法规无冲突，则可按其执行；若规定不合理，损害了劳动者权益，则可能被视为无效。

法律规定与年休假性质

根据《职工带薪年休假条例》第二条的规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，这意味着休年假属于劳动者的正常出勤，用人单位应支付全额工资，不应因休年假而扣除全勤奖。

全勤的定义与年休假的关系

全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度。因此，从法律角度和全勤的定义出发，不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。

公司规章制度的影响

尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。因此，员工应查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。

规章制度的合法性判断

公司规章制度中关于年休假与全勤的规定，必须满足以下条件才具有法律效力：

1. 经过合法程序制定：如经过民主程序讨论、公示或告知劳动者。
2. 内容不违反法律法规的强制性规定：即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。
3. 合理性考量：若规章制度明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。

实际操作建议

1. 了解公司规章制度：员工在入职时或每年休假前，应仔细阅读公司关于年休假和全勤的规章制度，确保自己了解相关规定。
2. 与公司沟通：如果员工对公司的规章制度有疑问或认为其不合理，应及时与公司人事部门或上级沟通，寻求合理解释或解决方案。
3. 保留证据：如果员工认为公司因休年假而扣除全勤奖的行为违法，应保留相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在需要时维护自己的合法权益。
4. 法律维权：若公司规定确实侵犯了劳动者的合法权益，员工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。

综上所述，员工在休年假期间通常不应被扣除全勤奖，但具体执行需结合公司规章制度及法律规定来判断。员工应了解自己的权益，并在必要时与公司沟通或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。