在综合计算工时工作制下，周末加班费的计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若周末工作未超出综合计算周期内的总工时
   根据《工资支付暂行规定》第十三条，实行综合计算工时制的岗位，在综合计算周期内（如周、月、季、年），只要总实际工作时间未超过法定标准工作时间（如月标准工时176小时），周末工作不视为加班，无需支付加班费。例如：某员工按月综合计算工时，当月总工时160小时（含周末工作40小时），未超176小时标准，则周末工作按正常工资支付。

2. 若周末工作导致综合计算周期内总工时超标
   超出部分按《劳动法》第四十四条第一项处理，支付不低于工资150%的加班费。例如：某员工按季综合计算工时，季度总工时520小时（法定标准504小时），超出16小时，这16小时即使分布在周末，也按150%计发加班费。

3. 若周末当天属于法定节假日
   根据《劳动法》第四十四条第三项，法定节假日工作必须支付不低于工资300%的加班费，且不得以调休替代。例如：国庆节当天（法定节假日）安排工作，无论是否超出综合周期总工时，均需按300%支付加班费。

关键提醒：

• 综合计算工时制需经当地劳动行政部门审批，未经审批的企业仍需按标准工时制支付周末加班费（即平时1.5倍、休息日2倍、法定假日3倍）。
  
• 实践中，企业常通过调休冲抵综合周期内的超时工时，但法定节假日加班不可调休，必须支付300%工资。
  
• 建议保留考勤记录、工资条等证据，若企业未依法支付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我说明细节，我会结合实际情况为您分析。