结论：开除一对夫妻工时，赔偿协议可以分开写，也可以一起写，具体选择需结合实际情况和需求来决定。以下从不同角度为你详细分析：
分开写赔偿协议的情况
- 明确各自权益：如果夫妻双方在公司的职位、工作年限、工资水平、工作表现等方面存在较大差异，导致各自的赔偿金额、赔偿项目（如经济补偿金、未休年假工资、加班费等）有所不同，分开写赔偿协议可以更清晰地明确各自的权益和义务，避免后续因赔偿问题产生争议。例如，丈夫在公司工作10年，月薪较高，按照法律规定应获得较高的经济补偿金；而妻子仅工作2年，月薪较低，经济补偿金相对较少。分开写协议可以分别详细列出各自的赔偿项目和金额，使双方都能清楚了解自己的权益。
- 便于执行和管理：分开写协议后，公司可以分别与夫妻双方进行沟通和协商，针对每个人的情况进行个性化的处理。在执行过程中，也便于公司分别记录和跟踪每个人的赔偿支付情况，避免出现混淆或遗漏。同时，如果其中一方对赔偿协议有异议或提出变更请求，也不会影响另一方的协议执行。
- 保护个人隐私：夫妻双方可能希望各自的赔偿情况不被对方知晓，分开写协议可以满足这一需求，保护个人隐私。例如，一方可能存在一些特殊的补偿项目或情况，不希望另一方了解，分开写协议可以避免这种情况的发生。
一起写赔偿协议的情况
- 简化流程：如果夫妻双方的情况较为相似，赔偿项目和金额也基本相同，一起写赔偿协议可以简化流程，减少重复劳动。公司只需与夫妻双方进行一次协商和沟通，达成一致意见后，签订一份协议即可，节省了时间和精力。
- 体现整体性：一起写协议可以体现夫妻双方作为一个整体的权益，在某些情况下可能更有利于维护他们的利益。例如，如果公司开除夫妻双方是因为同一原因或同一事件，一起写协议可以强调这一整体性，使公司在处理赔偿问题时更加谨慎和公正。
- 增强协商效果：夫妻双方在一起协商赔偿协议时，可以相互支持和配合，共同与公司进行谈判，增强协商的效果。他们可以共同提出自己的诉求和意见，增加与公司达成有利协议的可能性。
建议：在决定赔偿协议的书写方式时，公司应充分考虑夫妻双方的具体情况和需求，与他们进行充分的沟通和协商。同时，为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订协议前咨询专业法律人士的意见，对协议内容进行审查和修改。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。