结论前置：进厂干了三天中介扣钱是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若没有合法依据，中介扣钱是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同或劳务协议的角度
若存在有效合同或协议：
- 如果您与中介或工厂之间签订了有效的劳动合同或劳务协议，且协议中明确规定了工作期限、工资支付方式及条件等条款。那么，中介扣钱是否合法，需依据协议中的具体约定来判断。
- 若协议中未规定扣钱条款或规定不合法：例如，协议中未提及工作三天内离职需扣钱，或扣钱比例过高、缺乏合理性等，那么中介扣钱就是不合法的。您有权要求中介按照协议约定支付您应得的工资。
- 若协议中有合法扣钱条款：如果协议中明确规定了在某些情况下（如工作未满一定期限离职）可以扣除一定比例的工资，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么中介扣钱可能是合法的。但即便如此，扣除的比例也应合理，不能过分高于您因离职给中介或工厂造成的实际损失。
若不存在有效合同或协议：
- 如果您与中介或工厂之间未签订任何书面合同或协议，那么中介扣钱就缺乏合法依据。您有权要求中介支付您工作三天的全部工资。
二、从法律法规的角度
《中华人民共和国劳动法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”因此，中介无故扣钱是违法的。
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”虽然这一条款主要针对的是用人单位，但中介作为劳动者与用人单位之间的桥梁，也应遵守类似的原则，不得随意扣钱。
三、实际操作建议
与中介协商：
- 首先，您可以尝试与中介进行协商，要求其支付您应得的工资。在协商过程中，您可以引用上述法律法规，表明中介扣钱的行为可能违法。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位和中介的违法行为进行调查和处理，并可以责令其支付您应得的工资。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将依法对争议进行裁决，并可以强制执行裁决结果。
最后，我想强调的是，无论您选择哪种方式解决问题，都应保留好相关证据（如工作记录、工资条、与中介的沟通记录等），以便在需要时证明自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。