结论：员工迟到就扣工作积极奖励是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、迟到行为与奖励扣除的关联性以及奖励的性质等。

分析：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果公司规章制度中明确规定了迟到将扣除工作积极奖励，并且该规章制度已经过上述法定程序制定并公示，那么该规定在程序上是合法的。

2. 迟到行为与奖励扣除的关联性：

   • 即便公司规章制度合法，也需要考虑迟到行为与工作积极奖励扣除之间的关联性。工作积极奖励通常是对员工工作态度、工作表现的一种奖励，如果迟到行为与工作态度、工作表现无直接关联，或者迟到行为并未达到严重违反公司规章制度或劳动纪律的程度，那么扣除工作积极奖励可能缺乏合理性。
   • 例如，如果员工只是偶尔迟到几分钟，且并未对工作造成实质性影响，那么扣除工作积极奖励可能显得过于严苛。

3. 奖励的性质：

   • 工作积极奖励可能属于工资的一部分，也可能属于额外的福利或奖金。如果奖励属于工资的一部分，那么根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。在这种情况下，扣除工作积极奖励可能构成克扣工资，是违法的。
   • 如果奖励属于额外的福利或奖金，且公司规章制度中有明确规定，那么扣除奖励可能在一定程度上是合法的，但也需要考虑上述关联性和合理性的问题。

建议：

• 对于员工而言，如果认为公司扣除工作积极奖励的行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，了解扣除奖励的具体原因和依据。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，避免过度严苛或侵犯员工权益。同时，应加强与员工的沟通和交流，增强员工对规章制度的认同感和遵守意识。

可能后果：

• 如果公司扣除工作积极奖励的行为被认定为违法或不合理，可能需要承担补发奖励、支付赔偿金等法律责任。
• 如果员工因此与公司产生纠纷并申请劳动仲裁或提起诉讼，公司可能需要投入大量时间和精力来应对纠纷，影响公司的正常运营和声誉。