1. 结论前置：员工迟到和未打卡就扣工资是否合法，需根据用人单位的规章制度、扣薪标准的合理性以及是否存在特殊情况综合判断。在规章制度合法、扣薪标准合理且不存在特殊免责事由的情况下，迟到和未打卡扣工资是合法的；反之，则可能违法。

2. 合法条件分析：

   • 规章制度合法有效：
     • 用人单位必须依法制定规章制度，明确将迟到和未打卡列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。
     • 规章制度的制定需经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
     • 规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力。
   • 扣薪标准合理：
     • 扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
     • 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定同样适用于迟到和未打卡的扣薪情况。
   • 无合理免责事由：
     • 员工无故迟到或未打卡，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内扣工资。例如，员工因突发疾病、交通事故等不可抗力因素导致迟到或未打卡，用人单位应合理考虑并不予扣钱。

3. 不合法情况分析：

   • 规章制度不合法：
     • 规章制度制定程序不合法，如未与职工协商、未公示等。
     • 规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益。
   • 扣薪标准不合理：
     • 扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准。
     • 扣除比例明显不合理，超出法定限制（即当月工资的20%）。
   • 存在合理免责事由：
     • 员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到或未打卡，用人单位不得随意扣钱。

4. 法律依据与维权途径：

   • 法律依据：
     • 《中华人民共和国劳动法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
     • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任。
     • 《工资支付暂行规定》第十六条规定了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时，扣薪的具体标准和限制。
   • 维权途径：
     • 如果员工认为用人单位的扣钱行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣钱依据。
     • 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：作为员工，应了解自己的权益和义务，对于不合理的扣薪行为，可依法维护自己的合法权益。作为用人单位，应确保规章制度的完善性、合理性和合法性，并严格遵循相关法律法规的规定进行扣薪。在实际操作中，建议用人单位和劳动者加强沟通，共同营造和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。