事业单位人员旷工时，扣绩效还是基础工资，需根据单位的具体规章制度以及相关法律法规来确定，但通常情况下，旷工可能同时影响绩效工资和基础工资的发放，具体分析如下：

1. 绩效工资的影响：

   • 绩效工资通常与员工的工作表现、出勤情况、工作成果等直接相关。旷工作为员工未按规定出勤的行为，很可能被视为工作表现不佳或违反单位规章制度，从而影响绩效工资的评定和发放。
   • 许多事业单位在绩效考核中明确规定了旷工对绩效工资的影响，如旷工一天扣减一定比例的绩效工资，或旷工达到一定天数则取消当月或全年的绩效工资等。

2. 基础工资的影响：

   • 基础工资是员工因提供劳动而获得的固定报酬，通常与员工的岗位、职级、工龄等因素相关。在一般情况下，基础工资的发放不受员工短期出勤情况的影响，但长期旷工或严重违反单位规章制度可能导致单位对员工进行纪律处分，包括警告、记过、降级、撤职等，这些处分可能间接影响基础工资的发放（如降级后基础工资降低）。
   • 然而，也有部分事业单位在规章制度中明确规定，旷工达到一定天数将扣减部分基础工资。这种规定通常需要在员工入职时或规章制度修订时明确告知员工，并经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）后生效。

3. 法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。同时，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 因此，事业单位在制定关于旷工扣减工资的规章制度时，必须遵循上述法律法规的规定，确保规章制度的合法性和有效性。

4. 实际操作建议：

   • 对于事业单位人员而言，应仔细阅读并了解单位的规章制度，特别是关于旷工和工资扣减的相关规定。
   • 如因特殊情况需要请假或无法按时出勤，应及时向单位请假并说明原因，避免旷工行为的发生。
   • 如对单位的工资扣减决定有异议，可以与单位进行沟通协商，或依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。

总结来说，事业单位人员旷工时扣绩效还是基础工资，需根据单位的具体规章制度以及相关法律法规来确定。建议员工仔细阅读单位规章制度，了解旷工对工资的具体影响，并在必要时与单位进行沟通协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。