事业单位工作人员旷工期间工资通常会被停发或扣减，具体处理方式需结合单位规章制度及法律法规综合判断。以下是详细分析：

1. 依据单位规章制度处理
   根据《事业单位人事管理条例》第十五条，事业单位应依法依规制定内部规章制度，明确旷工的认定标准及处罚措施。若单位规章制度中明确规定“旷工期间停发工资”或“按日扣减绩效工资”，且该制度经民主程序制定并公示，则单位可据此执行。
   例如：某单位规定旷工1天扣减当日基本工资的200%，若该条款不违反法律强制性规定（如不低于当地最低工资标准），则具有法律效力。

2. 法律对工资扣减的底线限制
   即使单位有规章制度，工资扣减仍需遵守《工资支付暂行规定》第十六条：

   • 扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 扣减比例通常不超过当月工资的20%（特殊情况需经工会或职工代表协商）。
     例如：若员工月工资5000元，当地最低工资2000元，则单位最多扣减3000元（需确保剩余2000元不低于最低标准）。

3. 旷工与解除劳动合同的关联
   若旷工行为严重违反单位制度（如连续旷工超15日或累计超30日），单位可依据《事业单位人事管理条例》第十五条解除聘用合同，此时工资停发至合同解除日，且单位无需支付经济补偿。
   注意：单位需证明旷工事实（如考勤记录、催告通知等），否则可能构成违法解除。

4. 特殊情形处理

   • 病假/事假转旷工：若员工未获批假擅自离岗，单位可按旷工处理，但需区分“未请假”与“请假未获批”的情形；
     
   • 不可抗力旷工：如因自然灾害、突发疾病等客观原因无法到岗，需及时补交证明材料，单位应酌情免除处罚。

建议：若您或单位面临旷工工资争议，可进一步提供以下信息以便精准分析：

1. 单位规章制度中关于旷工的具体条款；
   
2. 旷工天数及工资结构（基本工资、绩效工资比例）；
   
3. 当地最低工资标准及单位实际扣减金额。
   

如有疑问，可直接向我咨询具体处理方案。