对于事业单位人员旷工如何扣发工资的问题，首先需要明确的是，旷工是违反单位规章制度的行为，单位有权对此进行相应处理，但扣发工资需遵循相关法律法规。

根据《劳动法》的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位不能简单地因为员工旷工就直接扣发工资，这样的做法是违法的。

然而，在实际操作中，事业单位可能会根据自身的规章制度和劳动合同约定，对旷工员工进行一定的经济处罚。这种处罚通常不是直接扣发工资，而是通过其他方式，如扣除奖金、津贴或绩效工资等来实现。具体的处罚方式和标准，应由事业单位根据自身情况制定，并应确保符合相关法律法规的规定。

另外，如果旷工行为严重，多次旷工或旷工天数达到一定程度，事业单位有权依据《劳动合同法》的相关规定，与员工解除劳动合同。在这种情况下，解除劳动合同并不是扣发工资，而是终止劳动关系的一种法律手段。

综上所述，事业单位人员旷工如何扣发工资，应根据具体情况而定。事业单位应遵循相关法律法规的规定，制定合理的规章制度和劳动合同约定，确保对旷工员工的处理既合法又合理。同时，员工也应遵守单位的规章制度，按时到岗工作，避免旷工行为的发生。