结论前置：事业单位扣发旷工人员工资必须基于合法、合理的依据，主要依据包括国家法律法规及单位内部规章制度。任何无端的克扣或拖欠工资行为均属违法，将受到法律制裁。
详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 该法明确规定了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得无故克扣或拖欠。对于旷工等缺勤情况，法律并未直接规定扣发工资的具体比例或金额，但允许用人单位在法定情形下扣除工资，如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，不过每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。在旷工情况下，虽然法律未直接规定扣发工资，但单位可依据内部规章制度进行合理扣发。
《事业单位人事管理条例》：
- 事业单位与工作人员订立的聘用合同期限一般不低于3年。如工作人员违反合同约定或单位规章制度，单位有权按合同和规定处理，这可能包括扣发工资。该条例为事业单位扣发旷工人员工资提供了合同层面的依据。
《工资支付暂行规定》：
- 该规定进一步细化了工资扣除的具体情形和操作程序，虽然未直接针对旷工扣发工资作出规定，但为用人单位在处理工资扣除问题时提供了指导。
二、单位规章制度依据
- 事业单位可依法制定内部规章制度，明确扣发工资的情形、标准和程序。这些规章制度通常包括考勤制度、绩效考核制度、奖惩制度等，其中会详细规定旷工等缺勤行为的扣发工资标准。例如，规章制度可能规定旷工一天扣发当天工资，或者按旷工天数比例扣发当月工资等。
- 规章制度的制定需经过民主程序，即经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。这是确保规章制度合法有效的关键步骤。
三、常见的扣发工资情形及法律建议
缺勤扣发：
- 旷工是典型的缺勤行为，单位可根据规章制度扣发相应天数的工资或按比例扣发。在制定规章制度时，单位应明确旷工的定义、扣发工资的标准和程序，并确保这些规定合法合理。
- 法律建议：单位在扣发旷工人员工资时，应确保规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，同时扣发标准应合理且符合法律法规的规定。
其他违反规章制度行为：
- 除了旷工外，如工作人员违反保密规定、廉洁纪律等其他规章制度，单位也可根据规章制度扣发工资。
- 法律建议：单位在制定规章制度时，应明确各种违反规章制度行为的扣发工资标准，并确保这些规定与法律法规不相冲突。在处理具体案件时，单位应依法依规进行，确保扣发工资的合法性和合理性。
四、法律责任
- 用人单位若存在克扣或无故拖欠劳动者工资的情况，劳动行政部门将责令其支付工资报酬、经济补偿，并可责令其支付赔偿金。因此，事业单位在扣发旷工人员工资时，必须确保有明确的法律依据和合理的制度支撑，避免任何形式的无端克扣或拖欠工资行为。
总结与进一步思考：事业单位在扣发旷工人员工资时，应严格遵循国家法律法规和单位内部规章制度的规定。单位应制定合法合理的规章制度，明确旷工等缺勤行为的扣发工资标准，并确保这些规定已经过民主程序制定并公示或告知劳动者。在处理具体案件时，单位应依法依规进行，确保扣发工资的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。