核心结论：若已付款但对方开具的发票无法使用，可通过协商、投诉、诉讼等途径解决，具体需结合发票问题类型及合同约定处理。以下是详细分析：

一、发票“不能用”的具体情形及法律定性

1. 发票形式瑕疵（如未加盖发票专用章、项目填写错误）
   根据《发票管理办法》第二十二条，发票需按法定要求开具，否则接收方有权拒收并要求重开。若对方拒绝重开，可向税务机关举报（12366纳税服务热线），税务机关将责令限期改正并处罚。

2. 发票内容与合同不符（如货物名称、金额、税率错误）
   若发票内容与合同约定不一致，可能构成违约。根据《民法典》第五百七十七条，可要求对方承担继续履行（重开发票）、赔偿损失等责任。若因发票问题导致无法抵扣税款或产生额外税负，可要求对方赔偿实际损失。

3. 发票为虚假发票或无效发票（如伪造、作废发票）
   根据《刑法》第二百零六条，伪造发票可能涉嫌刑事犯罪。若对方故意提供虚假发票，除要求重开外，还可主张合同欺诈的撤销权（《民法典》第一百四十八条），并要求赔偿全部损失（包括税款损失、行政处罚风险等）。

二、分步骤解决方案

1. 第一步：书面催告对方重开
   通过邮件、函件等书面形式要求对方在合理期限内（如7日内）重开合规发票，并明确拒绝接受瑕疵发票的后果（如暂停付款、追究违约责任）。保留催告记录作为后续证据。

2. 第二步：向税务机关投诉
   若对方拒绝重开或拖延，可向当地税务局举报（需提供合同、付款凭证、瑕疵发票等证据）。税务机关将介入调查，并可能对对方处以罚款（《发票管理办法》第三十五条）。

3. 第三步：主张合同权利

   • 若合同明确约定发票条款（如“卖方需提供合法有效发票，否则买方有权拒付尾款”），可直接依据合同暂停支付剩余款项，并要求对方承担违约责任。
     
   • 若合同未明确约定，可依据《民法典》第五百九十九条（出卖人瑕疵担保责任）或第六百二十一条（买受人检验义务）主张权利，要求对方赔偿因发票问题导致的损失（如税款滞纳金、行政处罚罚款等）。

4. 第四步：诉讼或仲裁
   若协商、投诉均无果，可向法院起诉或依据合同仲裁条款申请仲裁，主张：

   • 重开发票；
     
   • 赔偿损失（包括直接损失如税款损失，间接损失如商业信誉损害）；
     
   • 违约金（若合同有约定）。

三、风险防范建议

1. 合同中明确发票条款：在签订合同时，约定发票类型（专票/普票）、开具时间、税率、违约责任（如“若发票无法抵扣，卖方需按税款金额的130%赔偿”）。
   
2. 付款前核验发票：通过税务机关官网（如“全国增值税发票查验平台”）核验发票真伪及有效性，避免事后纠纷。
   
3. 保留完整证据链：保存合同、付款记录、沟通记录、瑕疵发票等所有相关证据，以备维权使用。

提示：发票问题可能涉及税务、合同、刑事等多重法律关系，建议根据具体情形选择最优解决方案。若有进一步细节（如发票类型、合同条款、对方态度等），可向我补充说明，我将提供针对性建议。