将废弃的铁道用地改为商业用地是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、土地性质与规划

1. 土地性质：铁道用地通常属于交通用地，其性质与商业用地不同。若要将铁道用地改为商业用地，首先需确认该土地是否已通过合法程序变更为商业用地性质。这通常涉及土地用途的变更审批，需由相关部门（如自然资源部门）进行规划调整，并办理相应的土地用途变更手续。

2. 规划要求：即使土地性质可以变更，还需符合当地的城乡规划和土地利用总体规划。若变更后的商业用地与规划不符，或违反了相关规划要求，则该变更行为可能不合法。

二、法律程序与审批

1. 审批流程：将废弃的铁道用地改为商业用地，需经过一系列的法律程序和审批流程。这包括但不限于：提出土地用途变更申请、进行环境影响评估、获得相关部门的批准等。若未经合法程序审批，擅自改变土地用途，则可能构成违法行为。

2. 合法手续：在获得审批后，还需办理相关的土地使用权出让或转让手续，确保土地使用权的合法转移。若未办理这些手续，即使土地用途已变更，也可能因土地使用权问题而面临法律风险。

三、特殊情况与例外

1. 政策支持：在某些特殊情况下，政府可能出台相关政策支持废弃铁道用地的再利用。若该变更行为符合政策要求，并获得了政府的支持，则可能具有合法性。但即便如此，也需确保符合相关法律程序和规划要求。

2. 历史遗留问题：对于一些历史遗留的废弃铁道用地，可能存在土地使用权不明确或规划不符等问题。在处理这些问题时，需综合考虑历史背景、现实情况和法律要求，确保变更行为的合法性和合理性。

四、法律后果与风险

1. 行政处罚：若未经合法程序审批擅自改变土地用途，可能面临行政处罚，包括罚款、责令恢复原状等。

2. 民事纠纷：若变更行为侵犯了他人的合法权益（如相邻权、土地使用权等），可能引发民事纠纷，需承担相应的民事责任。

3. 刑事责任：在极端情况下，若变更行为构成犯罪（如非法转让、倒卖土地使用权罪等），则可能面临刑事责任。

建议：若您考虑将废弃的铁道用地改为商业用地，建议首先咨询当地自然资源部门或相关政府部门，了解土地用途变更的具体要求和审批流程。同时，聘请专业律师进行法律风险评估和合规审查，确保变更行为的合法性和合规性。若您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。