员工不参加安全培训被罚款，这一行为在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律层面
首先，从法律角度来看，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位并没有对员工进行罚款的法定权力。罚款是行政处罚的一种，它只能由具备行政处罚权的行政机关来实施。企业作为用人单位，并不具备这样的权力。因此，如果公司直接对员工进行罚款，这很可能侵犯了劳动者的合法权益，与法律法规相违背。
企业规定层面
合同约定：虽然劳动合同中可能会明确约定员工有义务参加特定的培训，并规定了不参加的违约责任，但这种约定必须不违反法律法规的强制性规定才可能有效。而且，罚款并不是一种合法的违约责任形式。
规章制度：企业制定的相关规章制度，如果想要对员工产生约束力，必须符合法律规定的程序。这包括通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并与工会或职工代表平等协商确定，同时还需要向劳动者公示或告知。如果未经这些程序，那么规章制度中的罚款规定是不具有法律效力的。
培训性质层面
法定培训：对于法律明确要求企业必须提供的培训，如安全生产培训，员工如果拒绝参加，可能会面临一定的后果。但即便如此，企业也不能直接对员工进行罚款。企业应该按照法定程序来处理，比如给予警告、解除劳动合同等。
非法定培训：对于非法律强制要求的培训，员工有权选择是否参加。企业不能以罚款的方式来强迫员工参加。
合法处理方式
那么，企业应该如何合法地处理员工不参加培训的问题呢？
依照劳动合同约定处理：在劳动合同中明确约定培训义务及相应的合法后果。
制定合法规章制度：确保规章制度经过民主程序制定并公示，明确员工参加培训的义务及合理的后果（非罚款）。
以奖代惩：企业可以设定奖金制度，激励员工自愿参加培训，而不是通过罚款来强迫。
员工权益保护
如果员工面对不合法的罚款，应该如何维护自己的权益呢？
沟通协商：员工首先应该与公司进行沟通协商，表达自己的观点和诉求。
投诉与仲裁：如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
法律援助与诉讼：在严重的情况下，员工还可以寻求法律援助，甚至提起诉讼。
特殊情况说明
即使公司的规章制度依法制定且已公示，员工不参加培训的行为构成严重违纪，公司也不能直接罚款。公司应该遵循法律法规，采取合法合理的管理措施，如警告、调岗、解除劳动合同等。
综上所述，员工不参加安全培训被罚款通常是不合法的。公司应该尊重并保护员工的合法权益，依法处理员工不参加培训的问题。