若申请鉴定超过举证期限且法院不同意鉴定，可按以下步骤处理：

1. 审查举证期限的合理性及自身申请理由
   首先需确认法院确定的举证期限是否符合法律规定。根据《民事诉讼法》第六十八条及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十一条，举证期限可由当事人协商后经法院准许，或由法院直接指定。若法院指定的期限过短且未说明合理理由，或存在不可抗力等客观障碍导致逾期申请（如突发疾病、鉴定机构延误等），可据此向法院提出书面异议，要求重新审查鉴定申请的必要性。
   若逾期申请系因自身疏忽（如未及时委托鉴定机构、未准备完整材料等），则需承担相应风险，但仍可尝试通过补充证据或说明鉴定对案件关键事实的证明力，争取法院准许。

2. 与法院沟通并提交补充材料
   立即与承办法官或书记员联系，了解法院不同意鉴定的具体原因（如逾期、鉴定事项与案件无关、鉴定必要性不足等）。若法院以“逾期”为由直接驳回，可提交书面申请，重点说明：

   • 鉴定事项与案件核心争议的关联性（如伤残等级、产品质量等直接影响责任认定或赔偿金额的事实）；
     
   • 逾期申请的客观原因（如需补充材料、等待鉴定机构排期等）及已采取的补救措施（如已联系鉴定机构、完成初步检查等）；
     
   • 若不鉴定将导致案件事实无法查清，可能引发错判或程序回转（如发回重审），增加司法成本。
     同时附上鉴定机构出具的《受理通知书》、初步检查报告等材料，增强说服力。

3. 申请延期举证或重新指定举证期限
   若逾期申请系因鉴定程序本身耗时较长（如复杂医疗鉴定需3-6个月），可依据《民事诉讼法》第六十八条第二款，向法院申请延长举证期限，并说明：

   • 鉴定事项的复杂性及所需合理时间；
     
   • 已与鉴定机构确认的排期或进度；
     
   • 延长举证期限对案件审理效率的影响（如可避免二次开庭或程序空转）。
     若法院同意延期，需在新的期限内完成鉴定并提交报告。

4. 考虑通过其他证据补强或接受不利后果
   若法院最终不同意鉴定，需评估其他证据是否足以支持己方主张。例如：

   • 在人身损害案件中，若无法鉴定伤残等级，可尝试通过医疗记录、康复费用票据等证明实际损失；
     
   • 在合同纠纷中，若无法鉴定公章真伪，可结合交易习惯、证人证言等综合举证。
     若其他证据不足，则可能需承担举证不能的不利后果（如败诉或赔偿金额降低），此时需权衡是否通过上诉或申请再审救济。

5. 上诉或申请再审（极端情况）
   若法院以“逾期申请鉴定”为由直接驳回关键诉求，且你认为该驳回决定违反法定程序或影响案件公正审理，可在收到判决书后15日内提起上诉，或在对生效判决申请再审时，以“违反法定程序”为由主张原审错误。此时需重点论证：

   • 鉴定事项属于“基本事实”范畴（《民事诉讼法》第二百零七条第六项）；
     
   • 逾期申请存在合理事由且未严重影响审理效率；
     
   • 不鉴定导致案件事实无法查清，可能引发实质不公。
     

提示：鉴定申请需严格遵守举证期限，建议提前与鉴定机构沟通流程耗时，并在期限届满前10日向法院提交申请，避免因程序瑕疵丧失权利。若对法院决定有异议，可直接向我咨询具体应对策略。