当当事人对鉴定意见不服并申请重新鉴定时，法院的处理方式主要遵循以下步骤和原则：

一、审查重新鉴定申请的合法性及理由充分性

首先，法院会审查当事人提出的重新鉴定申请是否符合法定条件。根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》的相关条款，当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定意见有异议并申请重新鉴定时，需提出证据证明存在以下情形之一：

1. 鉴定机构或鉴定人员不具备相关的鉴定资格；
2. 鉴定程序严重违法；
3. 鉴定意见明显依据不足；
4. 经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

若当事人能提供充分证据证明上述任一情形存在，法院则应当准许重新鉴定。

二、处理重新鉴定申请的具体程序

1. 提交申请：当事人应向法院提交书面重新鉴定申请，并附上相关证据材料。

2. 法院审查：法院会对申请进行审查，判断其是否符合重新鉴定的法定条件。

3. 批准或驳回：

   • 若申请符合条件，法院会批准重新鉴定，并指定或委托新的鉴定机构进行鉴定。
   • 若申请不符合条件，法院会驳回申请，并说明理由。

4. 重新鉴定过程：新的鉴定机构会按照法定程序进行鉴定，并出具新的鉴定意见。

5. 质证与采信：新的鉴定意见出具后，法院会组织双方当事人进行质证。若新的鉴定意见被采信，则原鉴定意见将不再作为定案依据。

三、其他处理方式

除了直接批准重新鉴定外，法院还可能根据案件具体情况采取以下措施：

1. 要求原鉴定机构补充说明或修正：若法院认为原鉴定意见存在瑕疵但不足以推翻，可能会要求原鉴定机构进行补充说明或修正。

2. 向司法行政机关投诉反映：若当事人认为司法鉴定机构存在违法违纪行为，可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门会对其违法行为进行调查和处理，从而可能使得原鉴定意见作废或被撤销。

3. 主动搜集其他证据推翻鉴定意见：当事人可以主动搜集其他证据来推翻原鉴定意见，使得其不能作为定案证据。例如，搜集有关否定检材真实、完整、充分、合法的证据。

四、注意事项

• 当事人在提出重新鉴定申请时，应围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，并尽量搜集证据。
• 申请重新鉴定以一次为限，因此当事人应谨慎使用这一权利。
• 法院在处理重新鉴定申请时，会综合考虑案件的具体情况、鉴定意见的合理性以及当事人的合法权益等因素。

综上所述，当当事人对鉴定意见不服并申请重新鉴定时，法院会依法进行审查并作出相应处理。当事人应了解并遵循相关法律规定和程序要求，以维护自己的合法权益。