特殊工时工作制下加班工资的计算需根据具体工时制度类型确定，核心结论如下：

1. 综合计算工时工作制

   • 计算周期：以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，平均日/周工作时间应与法定标准一致（如日不超过8小时、周不超过40小时）。
     
   • 加班工资规则：
     
     • 周期内总工时未超标：无需支付加班费；
       
     • 总工时超标但日未超8小时：超出部分按150%支付工资（如月总工时180小时，标准176小时，超出4小时按150%计）；
       
     • 日工作时间超8小时：超出部分按150%支付工资，且周期内总工时超标部分叠加计算（如某日工作10小时，超出2小时按150%计，同时计入周期总超时）。
       
   • 休息日加班：若周期内总工时未超标，休息日工作不视为加班（无需支付200%工资）；若总工时超标，超出部分按150%计。
     
   • 法定节假日加班：无论周期内是否超标，均按300%支付工资。

2. 不定时工作制

   • 核心规则：因生产特点无法按标准工时制考勤，一般不适用加班工资规定。
     
   • 例外情形：
     
     • 法定节假日工作：仍需按300%支付工资；
       
     • 部分地区规定：如上海要求企业与工会协商后，对不定时制员工在日工作时间超12小时或月超168小时的部分支付加班费（具体以地方政策为准）。

3. 计件工资制下的特殊工时

   • 综合计算周期内：完成定额任务后继续工作的，超出部分按不低于法定工时单价150%支付工资；
     
   • 法定节假日工作：按完成定额任务的300%支付工资。

操作建议：

1. 确认企业是否已依法向劳动行政部门申请特殊工时制审批（未经审批仍需按标准工时制支付加班费）；
   
2. 保留考勤记录、工资条等证据，以便维权时证明加班事实；
   
3. 关注地方性法规差异（如江苏规定综合计算周期内总工时超标即需支付加班费，不区分日/周是否超标）。
   

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步提供细节，我会为您详细分析。