结论：公司以缺卡为由扣50元是否合法，需结合具体情况判断，若因公司网络问题导致无法打卡，公司扣款通常不合法；若因员工自身原因缺卡，公司扣款是否合法需看规章制度是否合法有效。以下从不同角度详细分析：
一、因公司网络问题导致无法打卡的情况
如果上班时公司网络出现问题，导致员工无法正常打卡，而下班时员工已经尽力打卡（比如尝试多次、寻找有网络的地方打卡等），但公司仍以缺卡为由扣款，这种做法通常是不合法的。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。在此情况下，缺卡并非员工本人原因导致，公司无权扣款。
- 建议：员工可以与公司沟通，说明情况，提供相关证据（如同事证言、网络故障记录等），要求公司撤销扣款决定。如果公司拒绝，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、因员工自身原因缺卡的情况
如果缺卡是由于员工自身原因导致的，比如忘记打卡、故意不打卡等，公司是否可以扣款，以及扣款的金额是否合法，需要看公司的规章制度是否合法有效。
- 规章制度合法性：
- 内容合法：公司的规章制度不能违反法律法规的强制性规定，比如不能规定过高的扣款金额，不能侵犯员工的合法权益等。
- 程序合法：公司的规章制度需要经过民主程序制定，比如与职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定等。同时，规章制度需要公示或告知员工，让员工知晓。
- 扣款金额合法性：即使公司的规章制度合法有效，扣款的金额也需要合理。一般来说，扣款金额不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。如果公司规定的扣款金额过高，可能被认定为违法。
- 建议：员工可以首先查看公司的规章制度，了解缺卡扣款的具体规定。如果认为公司的扣款决定不合法或不合理，可以与公司沟通协商，要求公司撤销或调整扣款决定。如果公司拒绝，员工同样可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、特殊情况下的处理
如果员工确实存在缺卡情况，但缺卡是由于不可抗力因素导致的，比如突发疾病、交通事故等，且员工能够提供相关证据证明，那么公司通常不应该扣款。
- 建议：员工在遇到这种情况时，应及时向公司说明情况，并提供相关证据。如果公司仍然扣款，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。
最后提醒：在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。