工地上体检费用从工人工资里扣除这一做法，通常是不合法的，除非有明确的劳动合同约定或公司规章制度支持，并且该约定或制度需合法合规。以下是对此问题的详细分析：
一、体检费用扣除的合法性分析
一般原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，企业并不具备直接对员工进行非因劳动者原因造成的费用扣除的法定权利。体检费用，除非特别约定，一般不属于劳动者应承担的费用范畴。
合法扣除工资的情形：
- 依据《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除。但这一规定并不适用于体检费用的扣除，因为体检并非因劳动者个人原因造成的经济损失。
二、可能存在的合法扣除情况
劳动合同或规章制度约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了体检费用由劳动者承担，并且该约定或制度经过了合法程序制定（如职工代表大会讨论通过、公示等），且内容不违反国家法律法规的强制性规定，那么从工资中扣除体检费用可能是合法的。但这种情况较为少见，且需要严格满足上述条件。
劳动者自愿同意：
- 如果劳动者自愿同意从工资中扣除体检费用，并且这一行为没有违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除也是合法的。但自愿同意应当是基于充分了解情况后的真实意思表示，且不得存在欺诈、胁迫等情形。
三、不合法的扣除后果及劳动者权益保护
不合法的扣除后果：
- 如果企业未经劳动者同意或违反法律法规的规定从工资中扣除体检费用，那么这种行为可能构成克扣工资，劳动者有权要求企业返还被扣除的费用，并可能因此向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
劳动者权益保护：
- 劳动者在面对不合理的费用扣除时，有权了解自己的权益和扣除的合法性。若认为扣除不合理或存在争议，劳动者可以向企业劳动争议调解委员会申请调解，或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、建议与总结
对于劳动者：
- 如果发现企业从工资中扣除了体检费用，并且认为这一行为不合理或违法，建议首先与企业进行沟通协商，要求企业说明扣除的依据和合理性。如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会或劳动争议仲裁委员会寻求帮助。
对于企业：
- 建议企业在制定相关规章制度或签订劳动合同时，明确体检费用的承担方式，并确保这一约定或制度合法合规。如果确实需要从工资中扣除体检费用，应当事先征得劳动者的同意，并确保扣除的金额和方式符合法律法规的规定。
总结来说，工地上体检费用从工人工资里扣除这一做法，在大多数情况下是不合法的。劳动者在面对这种情况时，应当了解自己的权益和扣除的合法性，并采取相应的措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。