结论：公司员工吃了4千元回扣，是否会被立案调查，取决于多种因素，包括公司内部规定、回扣的性质以及是否达到刑事立案标准等。以下从不同角度进行分析：

1. 公司内部规定与处理：

   • 公司规章制度：许多公司都有明确的规章制度，禁止员工收受回扣或贿赂。如果员工违反了这些规定，公司可能会根据内部规定进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
   • 内部调查：公司可能会启动内部调查程序，以查明事实真相，并根据调查结果采取相应的措施。

2. 回扣的性质与法律后果：

   • 商业贿赂：如果回扣被视为商业贿赂，那么员工可能面临法律责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非国家工作人员受贿罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的行为。对于数额较大的标准，一般根据地区经济发展水平和司法实践来确定，4千元在某些地区可能已达到立案标准，但并非绝对，还需结合具体案情和当地司法实践判断。
   • 民事责任：除了刑事责任外，员工还可能因违反合同义务或公司规定而承担民事责任，如赔偿公司损失等。

3. 刑事立案的可能性：

   • 立案标准：是否会被刑事立案，取决于回扣的数额是否达到当地规定的立案标准，以及是否存在其他严重情节。如前所述，4千元在某些地区可能已达到非国家工作人员受贿罪的立案标准，但并非所有地区都如此，且还需考虑其他因素，如回扣的次数、持续时间、对公司的损害程度等。
   • 证据收集：即使数额达到立案标准，也需要有充分的证据证明员工确实收受了回扣，并且是为他人谋取利益。证据的收集和固定是刑事立案和后续诉讼的关键。

4. 建议与行动：

   • 员工角度：如果员工确实收受了回扣，应尽快与公司沟通，如实说明情况，并考虑退还回扣以减轻可能的法律后果。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律风险。
   • 公司角度：公司应加强内部管理，完善规章制度，明确禁止员工收受回扣或贿赂。一旦发现员工有此类行为，应及时启动内部调查程序，并根据调查结果采取相应的措施。如果涉嫌刑事犯罪，应及时向公安机关报案，并配合调查工作。

总结与进一步思考：公司员工吃了4千元回扣是否会被立案调查，并没有一个确定的答案。它取决于多种因素的综合考量。因此，无论是员工还是公司，在面对此类问题时，都应保持谨慎和理性，及时咨询专业律师的意见，并根据实际情况采取相应的措施。如果你或你的公司面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。