公司不能根据员工不知道的规定扣工资。
首先，从法律原则上来讲，员工的工资是其劳动报酬，应当受到法律的保护。公司扣减员工工资，必须有明确的法律依据或合同依据，并且这些依据应当是员工知晓并同意的。如果公司依据员工不知道的规定扣工资，这很可能构成违法扣减，员工有权要求公司返还被扣的工资。
其次，从实际操作的角度来看，公司通常会通过员工手册、劳动合同或者公司内部的规章制度来明确员工的工资构成、扣减规则等。这些文件通常会在员工入职时或者入职后的一段时间内让员工签署确认，以确保员工知晓并同意其中的内容。如果公司确实存在依据员工不知道的规定扣工资的情况，那么很可能是公司在管理上存在疏漏，或者故意隐瞒了这些规定。无论是哪种情况，员工都有权向公司提出质疑，并要求公司给出合理的解释和依据。
最后，如果员工发现公司存在无故扣减工资的情况，可以通过以下途径来维护自己的权益：
总之，公司不能根据员工不知道的规定扣工资，这是对员工合法权益的侵犯。员工应当积极维护自己的权益，通过合法途径来解决问题。