结论：公司扣1000元，劳动仲裁能拿回的具体金额并非固定，而是取决于公司扣款的合法性及劳动者的实际损失情况，以下分情况讨论：
若公司扣款行为违法：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位不得随意克扣劳动者工资。若公司扣款行为缺乏合法依据，如未按照劳动合同约定或未经过劳动者同意，则构成违法扣款。
- 法律后果：劳动者有权要求公司返还被扣的1000元，并可能因公司的违法行为获得额外的赔偿或补偿。具体赔偿金额需根据劳动者的实际损失、公司的过错程度等因素综合确定。若因扣款导致劳动者生活困难或其他严重后果，赔偿金额可能会相应增加。
- 计算公式（若仅考虑返还扣款及可能的经济补偿，不考虑其他复杂因素）：应返还金额 = 违法扣款金额（1000元）+ 可能的经济补偿（视具体情况而定）。在此情况下，劳动者至少能拿回被扣的1000元，并可能获得额外的经济补偿。
若公司扣款行为合法但存在争议：
- 法律背景：在某些特定情况下，如劳动者违反公司规章制度、造成公司损失等，公司可能依法对劳动者进行扣款。但即使扣款行为合法，也可能因扣款金额、扣款程序等问题引发争议。
- 法律建议：劳动者应首先与公司沟通，了解扣款的具体原因和依据。若认为扣款行为存在争议，可收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、扣款通知等），向劳动仲裁机构申请仲裁。
- 可能结果：劳动仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定，对扣款行为的合法性进行审查。若认定扣款行为合法但金额或程序存在问题，可能会调整扣款金额或要求公司重新进行扣款程序。在此情况下，劳动者能拿回的金额将取决于仲裁机构的裁决结果。
若公司扣款行为合法且无争议：
- 法律背景：若公司扣款行为完全符合法律规定和劳动合同约定，且劳动者对此无异议，则劳动者无权要求公司返还扣款。
- 法律建议：在此情况下，劳动者应接受公司的扣款决定，并继续履行劳动合同义务。若对公司的其他管理行为有异议，可通过合法途径表达诉求，如与公司协商、向劳动监察部门投诉等。
进一步思考：在处理此类劳动争议时，劳动者应注重收集和保存相关证据，以便在劳动仲裁或诉讼过程中维护自己的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权利和义务，遵守公司规章制度和劳动合同约定，避免因自身行为导致公司扣款等不利后果。若对公司扣款行为有疑问或不满，建议及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获取更具体的法律建议和帮助。
最后，若您在公司扣款问题上遇到具体困扰或有其他劳动工伤相关问题，可直接向我咨询，我将结合您的具体情况提供详细的法律解答。