结论：竞业协议签一年但只给三个月补偿，这种做法是否违法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
从竞业限制协议的基本构成来看：
- 竞业限制协议是用人单位与劳动者约定的，在解除或者终止劳动合同后，劳动者不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位工作，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的协议。
- 为了平衡用人单位的商业秘密保护需求和劳动者的就业权，法律要求用人单位在竞业限制期限内给予劳动者经济补偿。如果协议中明确约定了一年的竞业限制期限，但用人单位只愿意支付三个月的补偿，这显然与竞业限制协议的目的和公平原则相悖，在劳动者未同意变更协议的情况下，这种做法可能构成违约，劳动者有权要求用人单位按照协议约定支付剩余期限的补偿。
从法律规定的角度分析：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，竞业限制期限由用人单位和劳动者约定，但不得超过二年。同时，用人单位与劳动者约定竞业限制的，应当在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 如果协议中约定的竞业限制期限为一年，但用人单位只支付了三个月的补偿，且未与劳动者协商一致变更协议，那么用人单位的行为可能违反了法律规定，劳动者有权要求用人单位继续履行协议或支付相应的经济补偿。
从实际操作和司法实践的角度考虑：
- 在实际操作中，如果用人单位和劳动者就竞业限制补偿的支付期限产生争议，双方应首先尝试协商解决。
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位按照协议约定支付剩余期限的补偿。仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
- 在司法实践中，法院通常会根据竞业限制协议的具体内容、双方当事人的约定、用人单位的实际支付情况以及劳动者的实际损失等因素来综合判断用人单位的行为是否违法，并据此作出裁决。
建议：
- 对于劳动者而言，如果遇到用人单位只支付部分竞业限制补偿的情况，应首先与用人单位协商，要求其按照协议约定支付剩余期限的补偿。
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应严格遵守法律规定和协议约定，按时足额支付竞业限制补偿，以避免不必要的法律纠纷和损失。
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