结论前置：公司使用员工身份证是否合法，取决于使用的具体目的、方式以及是否遵守了相关法律法规。在合法合规的前提下，公司可以因特定业务需求使用员工身份证；但若存在滥用或非法使用的情况，则可能触犯法律。
合法使用情况
社保与公积金办理：
- 公司需为员工缴纳社保和住房公积金，这是法定义务。在此过程中，公司需要员工的身份证号来完成账户开立、费用缴纳等手续。这种使用是合法且必要的。
税务申报：
- 公司作为扣缴义务人，在代扣代缴员工个人所得税时，需要准确录入员工的身份信息（包括身份证号码等）以确保税款准确计算并上缴税务机关。这也是法律规定的必要步骤。
劳动合同备案与入职审核：
- 部分地区要求企业将劳动合同及员工身份信息提交至劳动部门备案，或进行背景调查与入职审核。在这些情况下，公司使用员工身份证也是合法且合理的。
银行开户与工资发放：
- 银行在为员工开设工资卡或进行批量转账时，需要验证员工身份。公司可以提供员工身份证复印件（通常仅需复印件）以完成这些手续。
非法使用情况及风险防范
信息泄露风险：
- 若公司管理不善，可能导致员工身份证号被非法获取，进而用于诈骗、冒名贷款等违法行为。为防范此类风险，公司应严格管理员工身份证信息，确保信息安全。
非必要用途需谨慎：
- 公司若要求员工提供身份证原件或复印件用于非工作相关事务（如担保、私人借贷等），员工应明确拒绝。这些用途可能涉及非法活动或侵犯员工权益。
保护个人权益：
- 员工在提供身份证信息时，应了解公司使用这些信息的目的和范围，并仅在必要时提供复印件。在复印件上注明用途（如“仅限办理社保使用”）可以防止信息被挪作他用。同时，员工应定期查询个人征信报告，发现异常及时处理。
法律依据
《中华人民共和国居民身份证法》：
- 第十三条规定，公民从事有关活动需要证明身份的，有权使用居民身份证证明身份，有关单位及其工作人员不得拒绝。同时，该法也强调了对居民身份证记载的公民个人信息的保密义务。
- 第十五条规定，任何组织或者个人不得扣押居民身份证，但公安机关依照法律规定可查验除外。
《中华人民共和国个人信息保护法》：
- 要求企业处理个人信息应遵循合法、正当、必要原则，并告知用途。公司在使用员工身份证信息时，必须遵守这些原则。
应对建议
确认合法性：
- 当公司要求提供身份证信息时，员工应向HR或相关负责人询问具体用途，并要求出示书面说明（如有必要）。这有助于确保信息的合法使用。
保留证据：
- 员工应保存公司提供材料的副本或通过邮件确认沟通内容。这些证据在后续维权过程中可能发挥重要作用。
及时维权：
- 若发现信息被滥用或公司存在违法行为，员工应及时向当地人社局、网信办投诉或通过法律途径解决。这有助于维护自身权益并促使公司改正错误行为。
总结：公司使用员工身份证需基于合法业务需求，并严格遵守相关法律法规。员工有权了解用途并监督信息安全，若涉及敏感操作或非法使用情况，应提高警惕并拒绝不合理要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。