公司以卫生问题为由扣钱，其合法性取决于具体情况，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法情况
规章制度明确且合法：
- 如果公司有依法制定的规章制度，其中明确规定了卫生不达标的具体情形及相应的扣钱措施，并且该规章制度制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者），同时扣钱金额合理且不影响劳动者基本生活，那么公司依据此规章制度进行的扣钱可能被认定有效。
- 法律依据：虽然直接的法律条文未明确提及公司可因卫生问题扣钱，但根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若规章制度合法且明确规定了扣钱情形，可视为公司对员工管理的一种合法手段。
员工行为造成公司实际损失：
- 若因卫生问题导致公司遭受实际经济损失，如客户投诉、业务受损等，公司可以要求劳动者赔偿损失。但赔偿需遵循一定程序，如先进行损失评估，经劳动者确认后从工资中扣除，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、不合法情况
缺乏明确制度依据或制度违法：
- 若公司无相关卫生管理制度或制度规定模糊不清，或者规章制度未经民主程序制定或未向员工公示，则扣钱行为缺乏合法性基础，对员工不具有约束力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和第九十一条，以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，应按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
扣钱影响员工基本权益：
- 扣罚后员工工资不得低于当地最低工资标准，且不得严重影响员工的基本生活。若扣钱行为导致员工工资低于最低工资标准或严重影响其基本生活，则扣钱行为不合理且不合法。
- 法律依据：同上，即《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》中关于工资支付和最低工资标准的规定。
三、员工维权途径
- 沟通协商：员工首先可与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱依据和理由，并尝试达成和解。
- 举报与仲裁：若协商不成，员工可向劳动行政部门举报或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
- 法律诉讼：对仲裁结果不满意时，员工可在拿到仲裁书后15天内向法院起诉。法院将依法审理案件，并作出公正判决。
四、建议
- 公司角度：公司应依法制定规章制度，明确卫生标准和扣钱措施，并确保制度制定程序合法、公示或告知劳动者。同时，公司应合理设定扣钱幅度，避免影响员工基本生活。
- 员工角度：员工应了解自己的权益和义务，遵守公司规章制度。在面临公司不合法扣钱时，应积极采取措施维护自己的合法权益，如沟通协商、举报与仲裁、法律诉讼等。
总结来说，公司以卫生问题为由扣钱是否合法，取决于公司是否有明确且合法的规章制度作为依据，以及扣钱行为是否符合相关法律法规。员工在面临此类问题时，应了解自己的权利，并积极通过合法途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。