针对“本案主张的工程款已经另案判决给他人应当如何处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 核查另案判决的效力与范围
   首先需确认另案判决是否已生效（如是否过了上诉期或二审终审），以及判决中明确归属的工程款范围是否与本案主张完全重合。若另案判决已生效且范围覆盖本案主张，则本案可能构成“重复起诉”，法院可能依据《民事诉讼法》第127条裁定驳回起诉。此时需重点审查：

   • 另案原告是否与本案原告为同一主体（如分包商与总包商）；
     
   • 判决是否基于同一法律关系（如同一施工合同）；
     
   • 主张的工程款是否为同一笔款项（如同一工程段的结算款）。
     

2. 主张本案与另案的独立性
   若本案主张的工程款与另案判决存在实质差异（如不同施工阶段、不同合同条款），可通过以下方式抗辩：

   • 事实差异：提供施工日志、验收单等证据，证明本案工程内容未被另案涵盖；
     
   • 法律关系差异：若本案基于新的合同（如补充协议）或法律关系（如侵权赔偿），可主张另案判决不构成“一事不再理”；
     
   • 主体差异：若本案原告与另案原告非同一主体（如实际施工人起诉发包人，而另案为总包商起诉分包商），可主张权利主体不同。
     

3. 申请再审或第三人撤销之诉
   若发现另案判决存在错误（如虚假诉讼、证据伪造），或本案原告因不可归责于自身的原因未参与另案诉讼，可依据《民事诉讼法》第207条、第59条申请再审或提起第三人撤销之诉，要求撤销或改判另案中错误归属的工程款。

4. 通过执行异议程序救济
   若另案判决已进入执行阶段，且本案原告认为执行标的（工程款）应归自己所有，可依据《民事诉讼法》第234条提出执行异议之诉，要求法院停止执行并确认权利归属。

行动建议：

• 立即收集本案与另案的合同、施工记录、结算文件等证据，对比两案主张的工程款范围；
  
• 若发现另案判决错误，尽快在6个月内申请再审或提起第三人撤销之诉；
  
• 若本案尚未立案，需在起诉状中明确区分与另案的事实和法律关系，避免被认定为重复起诉。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。