当法院将工程款判决给实际施工人，而被挂靠单位需要处理相关账目时，以下是一些建议：

1. 明确账目处理原则：

   • 被挂靠单位应首先确认法院判决的工程款是否确实属于实际施工人应得的部分，并确保该款项的支付不会违反任何法律或合同条款。
   • 在处理账目时，被挂靠单位应遵循合法、公正、透明的原则，确保所有相关方都能清晰了解款项的来龙去脉。

2. 账目处理流程：

   • 核实款项：被挂靠单位应与实际施工人核实法院判决的工程款金额，确保无误。
   • 调整账目记录：根据核实后的金额，被挂靠单位应在其财务账目中做出相应调整，反映该笔款项的支付情况。
   • 完善财务凭证：被挂靠单位应确保所有与工程款支付相关的财务凭证（如发票、收据、转账记录等）都齐全且合规，以备未来可能的审计或检查。

3. 税务处理：

   • 被挂靠单位在支付工程款时，应依法履行代扣代缴税款等税务义务（如果适用）。
   • 同时，被挂靠单位也应关注自身可能涉及的税务问题，如是否需要就该笔款项缴纳相关税费或进行税务申报等。

4. 风险防控：

   • 被挂靠单位在处理账目时，应谨慎评估可能存在的风险，如实际施工人可能提出的额外要求、税务机关的税务检查等。
   • 为降低风险，被挂靠单位可以寻求专业法律或财务顾问的帮助，确保账目处理的合法性和合规性。

5. 沟通与协作：

   • 被挂靠单位应与实际施工人保持良好沟通，确保双方对工程款支付事项无争议。
   • 同时，被挂靠单位也应与相关部门（如税务机关、审计机构等）保持密切联系，及时获取政策指导和帮助。

综上所述，当法院将工程款判决给实际施工人时，被挂靠单位应明确账目处理原则、遵循规范的账目处理流程、妥善处理税务问题、加强风险防控，并与相关方保持良好沟通与协作。如有任何具体法律问题或疑虑，可直接向我咨询。