在判决书中同时涉及公司和个人工程款的处理，通常需根据判决内容、工程款性质及各方法律关系来综合判断。以下是具体分析：

1. 若判决明确区分公司与个人工程款归属
   若判决书已明确公司工程款归公司所有、个人工程款归个人所有（例如因挂靠、转包等关系产生的债权分割），则各方应按判决内容分别主张权利。公司需以自身名义申请执行公司名下工程款，个人则以个人名义申请执行个人部分，执行过程中需注意避免财产混同。

2. 若工程款存在混同或权属争议
   若公司和个人工程款因财务混同、表见代理等原因难以区分，法院可能根据实际施工关系、资金流向等证据，判决由公司或个人承担连带责任，或按比例分配工程款。此时需重点审查：

   • 合同签订主体（是否以公司名义签约）；
     
   • 资金往来凭证（工程款是否通过公司账户流转）；
     
   • 实际施工情况（个人是否实际组织施工）。
     若被判决连带责任，任何一方履行债务后可向另一方追偿。

3. 执行阶段的特殊处理
   在执行阶段，若被执行人同时涉及公司和个人财产：

   • 若公司为独立法人，原则上仅能执行公司财产，但若存在财产混同（如人格否认情形），可追加股东为被执行人；
     
   • 若个人工程款涉及夫妻共同财产，可能需析产后执行配偶份额；
     
   • 若工程款涉及优先受偿权（如建设工程价款优先权），需优先保障该权利实现。

建议行动：

• 仔细核对判决书中的权利义务主体及金额分配；
  
• 若对判决内容有异议，可在法定期限内申请再审或抗诉；
  
• 执行阶段及时向法院提交财产线索，避免财产转移。
  

如有具体案情或判决书内容需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步结合法律条文为您解读。