单位因员工每年体检让他人代替而被开除，这一行为是否合法，需根据具体情况及相关法律法规来综合判断，但通常情况下，这种开除行为可能缺乏充分的法律依据，不合法性较大。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了员工必须亲自参加体检，且违反此规定将构成严重违反公司规章制度，那么单位在员工让他人代替体检时，有权依据合同约定进行处罚，包括开除。但这种情况较为特殊，且合同条款需符合法律法规的强制性规定。
公司规章制度：
- 公司规章制度中若明确规定了体检的替代行为属于严重违纪，且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么单位在员工违反时，可以依据规章制度进行开除。然而，即便规章制度有此规定，也需确保其内容合法、合理，不侵犯员工的合法权益。
二、从法律法规的角度
《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这里的“严重违反”需达到一定的程度，且规章制度需合法有效。如果单位仅因员工让他人代替体检就开除，而该行为并未对单位造成重大损失或严重影响，那么这种开除行为可能构成违法解除。
体检的性质与目的：
- 体检通常是单位为了保障员工的身体健康、预防职业病或了解员工健康状况而进行的。员工让他人代替体检，虽然违反了单位的体检安排，但并未直接损害单位的利益或违反法律法规的强制性规定。因此，单位以此为由开除员工，可能缺乏充分的法律依据。
三、从实际操作与公平性的角度
实际操作中的合理性：
- 单位在处理此类事件时，应考虑实际情况和员工的动机。如果员工因特殊原因（如突发疾病、家庭紧急情况等）无法亲自参加体检，且已向单位说明情况并寻求谅解，那么单位应给予一定的宽容和理解，而非直接开除。
公平性的考量：
- 单位在制定和执行规章制度时，应确保公平、公正、合理。如果单位对类似行为的处罚存在不一致或过于严厉的情况，那么这种处罚可能缺乏公平性，也容易引起员工的反感和不满。
法律建议
对于员工：
- 如果因让他人代替体检而被单位开除，且认为单位的开除行为缺乏法律依据或不合理，可以与单位进行协商，要求恢复劳动关系或获得相应的经济补偿。
- 如果协商无果，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
对于单位：
- 在制定和执行规章制度时，应确保内容合法、合理，且经过民主程序制定、公示或告知员工。
- 在处理员工违纪行为时，应综合考虑实际情况、员工动机和违纪行为的严重程度，确保处罚的公平性和合理性。
总结来说，单位因员工每年体检让他人代替而开除员工的行为，在大多数情况下可能缺乏充分的法律依据，不合法性较大。如果遇到此类情况，建议员工或单位及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益或确保处理行为的合法性。