您好，关于员工乘坐地铁能否开具公司发票以及是否合法的问题，这主要取决于具体的购票和开票流程以及相关法律法规的规定。以下是我为您详细解答：
一、地铁电子发票的开具
开票流程：
- 以福州地铁为例，乘客在购买地铁公交联票后，可以在线上平台（如e福州APP）选择开具全电发票。
- 在开票申请信息填写页面，乘客可以根据实际情况选择“企业”或“个人/其他”作为发票抬头。
- 如果选择“企业”作为发票抬头，乘客需要输入企业的相关信息，如企业名称、统一社会信用代码等。
开票限制：
- 地铁公交联票的全电发票开具通常有一定的时间限制，如福州地铁规定须在订单生成后的90个自然日内申请开具。
- 已开具全电发票的订单无法再次开票，且不支持开具纸质发票（除非特定情况下，如系统故障等，但需遵循地铁公司的相关规定）。
二、员工地铁发票开公司抬头的合法性
合法性原则：
- 员工乘坐地铁产生的费用，如果属于公司业务范畴内的差旅费或交通费，且符合公司报销政策，那么员工可以申请开具以公司为抬头的电子发票。
- 开具公司抬头的发票必须基于真实的交易背景，即员工确实乘坐了地铁并产生了相应的费用。
税务合规性：
- 公司作为发票的接收方，需要确保发票的真实性和合法性，以便进行税务抵扣和财务报销。
- 如果员工开具的公司抬头发票与实际交易不符，或者存在虚假开票等行为，将可能涉及税务违法问题，对公司和员工个人都会带来法律风险。
三、建议与注意事项
了解公司政策：
- 员工在申请开具地铁电子发票前，应先了解公司的报销政策和流程，确保自己的开票行为符合公司规定。
保留相关证据：
- 员工应保留好地铁购票记录、行程单等相关证据，以便在需要时证明发票的真实性和合法性。
及时沟通：
- 如果员工在开票过程中遇到问题或疑问，应及时与地铁公司客服或公司财务部门沟通，寻求帮助和解决方案。
综上所述，员工乘坐地铁可以申请开具以公司为抬头的电子发票，但必须基于真实的交易背景，并符合公司报销政策和税务法规的规定。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。