农村个体加工棚违法用地的处理方式需根据具体情况判断，主要分为以下两种情形：

1. 若加工棚用地符合土地利用总体规划但未办理审批手续
   根据《土地管理法》第七十七条，此类行为属于“未经批准非法占地”。处理流程通常为：

   • 县级以上自然资源主管部门责令限期改正（如补办用地审批手续）；
     
   • 逾期未改正的，可按占用耕地面积处每平方米100元以上1000元以下罚款（具体标准由地方规定）；
     
   • 若涉及耕地（尤其是永久基本农田），处罚力度会显著加重，可能面临拆除建筑物、恢复土地原状等强制措施。

2. 若加工棚用地违反土地利用总体规划（如占用耕地、生态保护红线等）
   根据《土地管理法》第七十七条及第七十八条，处理方式更为严格：

   • 县级以上自然资源主管部门有权直接责令退还非法占用的土地；
     
   • 限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；
     
   • 若拒不履行，可申请人民法院强制执行，并可能对责任人处以行政处罚（如罚款）；
     
   • 若涉及数量较大（如占用耕地10亩以上），可能触犯《刑法》第三百四十二条，构成非法占用农用地罪，需承担刑事责任。

补充说明与建议：

• 自查合规性：建议立即核查加工棚用地是否符合当地土地利用总体规划，是否已取得乡村建设规划许可证、农用地转用审批等手续；
  
• 主动整改：若存在违法情形，可主动向乡镇政府或自然资源部门报告，争取从轻处理（如补办手续、缴纳罚款而非强制拆除）；
  
• 法律风险防范：若用地涉及耕地、林地等受保护土地类型，或面积较大，建议委托律师介入与行政部门沟通，制定合规整改方案，避免刑事风险。
  

如有具体用地情况（如土地类型、面积、是否已建等），可进一步向我咨询，我会结合地方政策提供更精准的建议。