国企员工多次贪污合计三千元，用人单位是有权依据相关规定开除该员工的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，或者严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。虽然该条款并未直接规定贪污的具体金额，但“严重违反规章制度”和“给用人单位造成重大损害”是两个关键要素。在实际操作中，国企通常会有明确的规章制度，对贪污等违法行为有具体的处罚规定。如果员工多次贪污，即使合计金额只有三千元，也可能被视为严重违反规章制度，或者给用人单位造成了重大损害（如损害企业形象、影响内部管理秩序等），从而满足解除劳动合同的条件。

规章制度角度

国企作为用人单位，通常会制定详细的规章制度，包括员工行为规范、奖惩措施等。这些规章制度是用人单位管理员工的重要依据。如果规章制度中明确规定了贪污行为的处罚措施，包括开除等严厉处罚，那么员工多次贪污合计三千元，就很有可能触发这些处罚措施，导致被开除。

实际操作角度

在实际操作中，国企在处理员工贪污问题时，除了考虑法律和规章制度外，还会考虑其他因素，如员工的认错态度、是否积极退赃、是否对单位造成其他损失等。如果员工能够积极认错、退赃，并主动承担其他责任，用人单位可能会酌情减轻处罚。但是，如果员工态度恶劣、拒不认错或退赃，那么用人单位很可能会依法依规进行严厉处罚，包括开除。

建议

1. 对于员工而言：如果面临被开除的情况，建议首先了解用人单位的规章制度和劳动合同中的相关条款，确认自己的行为是否确实构成了严重违反规章制度或给用人单位造成了重大损害。如果认为用人单位的处罚过重或不合理，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。

2. 对于用人单位而言：在处理员工贪污问题时，应确保处理程序合法合规，充分保障员工的合法权益。同时，也应加强内部管理，完善规章制度，明确贪污等违法行为的处罚措施，以预防类似事件的发生。

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