将投标人持有国家级专精特新小巨人企业作为评分项，在符合相关法律法规和招标文件规定的前提下，是合法的。以下从多个角度进行分析：

1. 法律法规层面：

   • 目前，我国并没有明确的法律法规禁止将投标人持有国家级专精特新小巨人企业等资质或荣誉作为招标评分项。招标活动通常遵循《中华人民共和国招标投标法》及其相关规定，这些法规主要规范了招标、投标、开标、评标和中标等环节的基本程序和要求，但并未具体规定评分项的设置。
   • 评分项的设置通常属于招标人的自主权范围，只要招标人设置的评分项不违反法律法规的强制性规定，不歧视或排斥潜在投标人，且能够合理反映投标人的综合实力和履约能力，就是合法的。

2. 招标文件规定层面：

   • 招标文件是招标活动的核心文件，其中会明确规定评标标准和方法，包括评分项的设置。如果招标文件明确将投标人持有国家级专精特新小巨人企业作为评分项之一，并且这一规定符合法律法规的要求，那么该评分项就是合法的。
   • 招标人在设置评分项时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保所有潜在投标人都有平等的机会参与竞争。同时，评分项的设置应当与招标项目的实际需求相适应，能够合理反映投标人的技术实力、管理水平、服务质量等方面的能力。

3. 实际操作层面：

   • 在实际操作中，将投标人持有国家级专精特新小巨人企业作为评分项，可以视为招标人对投标人技术实力和创新能力的一种认可。这种认可有助于激励投标人不断提升自身的技术水平和创新能力，从而推动整个行业的进步和发展。
   • 同时，这种评分项的设置也有助于招标人筛选出更具综合实力和履约能力的投标人，提高招标项目的成功率和质量。

建议与注意事项：

• 招标人在设置评分项时，应当确保评分项的合法性和合理性，避免设置歧视性或排斥性的条款。
• 投标人在参与招标活动时，应当仔细阅读招标文件，了解评分项的设置和要求，以便有针对性地准备投标文件。
• 如果投标人对招标文件的评分项设置存在疑问或异议，可以及时向招标人提出询问或质疑，并寻求法律途径解决争议。

如有任何关于招标投标法律问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。