工程招标项目以高新技术企业证书作为评审因素，在特定条件下是合法的。具体分析如下：

1. 合法性依据：根据政府采购常见问题问答中的相关内容，若高新技术企业与项目质量相关，则可作为评审因素。这意味着，如果高新技术企业的认定与工程招标项目的质量、技术含量或履行能力有直接关联，那么将高新技术企业证书作为评审因素是合法的。

2. 评审因素的相关性：评审因素的设定应与投标人所提供货物、服务的质量相关。因此，在设定高新技术企业证书作为评审因素时，必须确保这一因素与项目的实际需求和质量标准紧密相关，避免构成对供应商的不合理限制或歧视。

3. 注意事项：

   • 不得将高新技术企业证书作为唯一的评审因素，而应结合其他与项目质量相关的因素进行综合评估。
   • 在招标文件中应明确说明高新技术企业证书作为评审因素的具体标准和要求，以确保评审过程的公开、公平和公正。

综上所述，工程招标项目以高新技术企业证书作为评审因素，在符合特定条件（即与项目质量相关）的情况下是合法的。但需注意确保评审因素的设定合理、公正，并避免对供应商构成不合理限制或歧视。如有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。