因新冠感染休息期间，工资不应被扣除。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者因病或者非因工负伤停止工作进行治疗，在规定的医疗期内，用人单位应当支付病假工资或者疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 新冠感染属于疾病范畴，且医生已开具休息证明，因此劳动者在此期间应享受病假待遇。
具体分析：
- 劳动者因新冠感染而需休息，这是基于健康原因且由医生出具了休息证明，属于合法的病假情况。
- 用人单位应按照上述法律规定，支付劳动者在病假期间的工资，且不得无故克扣。
特殊情况说明：
- 如果用人单位有特别规定，如病假期间工资支付标准高于上述法定标准，则应按用人单位的规定执行。
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中有特别约定关于病假工资的支付，且该约定不违反法律法规，则应按约定执行。
综上所述，因新冠感染而需休息期间，劳动者的工资不应被扣除。如果用人单位无故克扣病假工资，劳动者可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。