结论：怀孕九个月医生开证明休息，一般情况下是不应该扣工资的，但具体是否扣工资还需根据您所在单位的具体规章制度以及您与单位签订的劳动合同来确定。

分析说明：

1. 法律法规层面：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》的相关内容，女职工在孕期、产期、哺乳期享受特殊的劳动保护。其中，孕期女职工有权根据医疗机构的证明，向单位申请病假或产前假，并享受相应的待遇。
   • 在病假或产前假期间，女职工的工资待遇通常不会受到严重影响。具体来说，如果女职工因怀孕需要休息，且提供了医疗机构的证明，那么单位应当按照相关规定支付其病假工资或产前假工资，而不是直接扣工资。

2. 单位规章制度与劳动合同层面：

   • 虽然法律法规对女职工的孕期保护有明确规定，但具体实施还需参考您所在单位的具体规章制度以及您与单位签订的劳动合同。
   • 有些单位可能会在规章制度中明确规定孕期女职工的工资待遇问题，包括是否扣工资、扣多少等。因此，您需要仔细查阅您所在单位的规章制度以及您与单位签订的劳动合同，了解其中的相关规定。

3. 实际操作建议：

   • 如果您已经提供了医疗机构的证明，且单位仍然要扣您的工资，您可以先与单位进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据。
   • 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

特殊场景提醒：

• 如果您所在单位没有明确的规章制度或者劳动合同中没有相关规定，那么根据法律法规的原则性规定，单位是不应该扣您工资的。
• 另外，如果单位存在违法扣工资的行为，您不仅有权要求单位补发工资，还有权要求单位支付相应的经济补偿金。

后续行动建议：

• 建议您先仔细查阅您所在单位的规章制度以及您与单位签订的劳动合同，了解其中的相关规定。
• 如果您对相关规定有疑问或者单位存在违法扣工资的行为，您可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议。