在指定监护案件中，除了申请人和被申请人外，还需要有被申请人的代理人，这主要是基于以下几个方面的考虑：

一、保护被申请人的权益

在指定监护的案件中，被申请人往往是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，他们可能无法充分理解案件的性质、后果以及自己的权益。因此，设置代理人制度可以确保被申请人在案件审理过程中得到充分的法律保护，避免其权益受到侵害。代理人可以代表被申请人参与诉讼，了解案件进展，提出有利于被申请人的意见和主张。

二、确保诉讼程序的公正性

代理人作为被申请人的法律代表，在诉讼过程中扮演着重要的角色。他们可以与申请人进行平等的对话和辩论，确保诉讼程序的公正性。如果被申请人没有代理人，那么申请人可能会在诉讼中占据优势地位，导致案件处理结果不公正。代理人的存在可以平衡双方的力量，确保诉讼的公正进行。

三、法律规定的明确要求

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，在申请宣告公民无民事行为能力的案件中，被申请人必须具备代理人。代理人为除申请人之外的近亲属，如果近亲属互相推诿或没有近亲属的，法院可以指定愿意担任代理人的个人或者组织为代理人。这一规定明确了代理人在指定监护案件中的必要性和地位。

四、代理人的具体职责

在指定监护案件中，代理人的职责主要包括：

1. 代表被申请人参与诉讼：代理人需要代表被申请人出庭应诉，了解案件进展，提出有利于被申请人的意见和主张。
2. 保护被申请人的权益：代理人需要确保被申请人在案件审理过程中得到充分的法律保护，避免其权益受到侵害。
3. 协助法院进行调查和审理：代理人需要协助法院进行必要的调查和审理工作，提供相关证据和材料，确保案件得到公正处理。

五、实际案例的佐证

以您提供的案例为例，石某作为无民事行为能力人，在父母相继去世且无其他近亲属愿意担任监护人的情况下，社区居委会作为有关组织向法院提出了指定监护的申请。在这个过程中，如果石某没有代理人，那么她的权益可能无法得到充分的保障。而实际上，根据法律规定和案件需要，法院会为石某指定一个合适的代理人来代表她参与诉讼，确保她的权益得到维护。

综上所述，在指定监护案件中设置代理人制度是必要的，它不仅可以保护被申请人的权益，确保诉讼程序的公正性，还是法律规定的明确要求。