企业法人使用自有厂房作为自用用途，在合法取得并使用的情况下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、厂房的合法取得

1. 产权清晰：企业法人必须确保对厂房拥有合法的产权，这通常通过购买、自建或合法继承等方式取得。产权清晰是厂房自用的前提，也是避免后续法律纠纷的关键。
2. 规划合规：厂房的建设和使用必须符合当地的城乡规划和土地利用规划。如果厂房建设在未经规划许可的土地上，或者违反了规划要求，那么即使产权清晰，也可能面临被拆除或罚款的风险。

二、厂房的自用合法性

1. 用途符合规划：厂房作为自用用途，必须符合其规划用途。例如，如果厂房规划为工业用地，那么用于工业生产是合法的；但如果擅自改变为商业或住宅用途，则可能违反规划法规，面临法律处罚。
2. 遵守相关法律法规：企业法人在使用厂房时，还需遵守其他相关法律法规，如环保、消防、安全等方面的规定。确保厂房的使用不会对环境造成污染，不会引发火灾或安全事故等。

三、可能面临的法律风险及防范

1. 产权纠纷：如果厂房的产权存在争议或纠纷，企业法人可能面临被起诉或财产被查封的风险。因此，在购买或自建厂房前，务必进行充分的产权调查，确保产权清晰无争议。
2. 违规使用：如前所述，擅自改变厂房用途或违反规划、环保等法规使用厂房，可能面临法律处罚。企业法人应定期对厂房的使用情况进行自查，确保合规使用。
3. 合同风险：如果企业法人将厂房出租给第三方使用，应签订详细的租赁合同，明确双方的权利和义务。避免因合同条款不清或违反法律法规而导致法律纠纷。

四、建议与措施

1. 完善产权手续：确保厂房的产权手续齐全、合法有效。如有需要，可咨询专业律师或房地产机构进行产权调查和确权。
2. 遵守规划法规：在使用厂房前，了解并遵守当地的城乡规划和土地利用规划要求。确保厂房的用途符合规划要求，避免违规使用。
3. 加强合规管理：建立完善的合规管理制度，定期对厂房的使用情况进行自查和评估。确保厂房的使用符合相关法律法规和规划要求，降低法律风险。

总结来说，企业法人使用自有厂房作为自用用途是合法的，但必须确保厂房的产权清晰、规划合规，并遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。